关于物流工作12小时是否合法的问题，这主要取决于具体的工作制度和是否获得了相关部门的批准。

首先，我们需要明确的是，我国实行的是劳动者每日不超过8小时，每周不超过40小时，每周至少休息1天的标准工时制度。这是保障劳动者权益的基本法律框架。然而，对于某些特殊行业或岗位，由于工作性质或生产特点的限制，可能无法实行这一标准工时制度。

针对这种情况，我国法律规定了综合计算工时工作制。这是一种针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的行业的部分岗位，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在综合计算工作时间的周期内，具体某一天、某一周的工作时间可以超过8小时、40小时，但劳动者在综合计算工作时间周期内的实际工作时间总量，应当与标准工时制度下在这一周期内的工作时间总量相当。超过的部分，用人单位应当支付延长工作时间工资报酬。

对于物流行业，如果其工作性质确实需要连续作业，或者受到季节、自然条件等限制，那么经过劳动行政部门的批准，是可以实行综合计算工时工作制的。在这种情况下，物流工作12小时可能是合法的，但前提是必须确保在综合计算的工作时间周期内，劳动者的实际工作时间总量与标准工时制度下相当，并且用人单位已经支付了相应的延长工作时间工资报酬。

然而，如果物流行业并未获得劳动行政部门的批准实行综合计算工时工作制，或者虽然获得了批准但未按照规定支付延长工作时间工资报酬，那么物流工作12小时就可能是违法的。

因此，要判断物流工作12小时是否合法，需要具体了解该物流企业的工作制度、是否获得了相关部门的批准以及是否按照规定支付了延长工作时间工资报酬等因素。如果您对此有疑问或担忧，建议您向当地的劳动行政部门或劳动监察机构进行咨询和投诉，以维护自己的合法权益。