劳动合同中约定不定时工作制，在严格遵循法律规定并经过合法审批的情况下是合法的，且必须保障劳动者的合法权益。下面我将从多个角度为你详细分析：
一、法律基础与合法性条件
根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条的规定，企业因生产特点不能实行标准工时制度（即每日工作时间不超过八小时，平均每周工作时间不超过四十四小时）的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，不定时工作制便是其中之一。因此，不定时工作制的合法性需满足以下条件：
- 适用范围合法：主要适用于因工作性质特殊、需机动作业或工作时间不固定的岗位，如企业中的高级管理人员、外勤人员、长途运输人员、部分值班人员等。
- 程序合法：用人单位必须向劳动行政部门提出实行不定时工作制的申请，并提交相关材料，经审查批准后方可实施。未经审批擅自实行的，可能会面临处罚，且该约定可能无效。
二、审批程序
企业实行不定时工作制的具体审批程序如下：
- 申请：用人单位根据自身生产经营特点和实际工作需要，向劳动行政部门提交实行不定时工作制的申请及相关材料，包括企业的营业执照副本、组织机构代码证、实行不定时工作制的岗位设置及人员名单、工作时间安排计划等。
- 审查：劳动行政部门对提交的材料进行详细审查，重点考察用人单位的生产经营特点、工作岗位性质、工作时间安排等是否符合实行不定时工作制的条件。
- 批准：经审查符合条件的，劳动行政部门作出批准决定，并向用人单位颁发《不定时工作制审批决定书》。用人单位在获得批准后，方可在批准的岗位和人员范围内实行不定时工作制。
三、劳动者权益保障
虽然不定时工作制的工作时间具有灵活性，但劳动者的合法权益仍然受到法律的严格保护：
- 休息休假权利：不定时工作制的劳动者同样享有法定节假日、年假、病假等休息休假权利。用人单位应合理安排劳动者的休息休假时间，确保其身心健康，避免过度加班。在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，应当依法支付工资。
- 工作时间安排与加班问题：虽然不定时工作制不固定具体时间，但仍需遵守每周工作时间不超过四十四小时的限制（当然，这一限制在实务中可能因岗位特性有所灵活处理，但原则上不应过度延长工作时间）。用人单位应与劳动者明确工作任务、工作时间安排及加班认定等相关事宜，以避免纠纷。同时，对于在法定节假日工作的劳动者，用人单位应按照法律规定支付不低于工资的300%的工资报酬。
- 工资支付：用人单位应按照法律法规和劳动合同的约定，合理确定不定时工作制劳动者的工资报酬，并确保不得低于当地最低工资标准。
四、法律风险与案例分析
如果企业未经劳动行政部门批准擅自实行不定时工作制，可能会面临法律风险和处罚。例如，有企业因未获批准而擅自实施不定时工作制，导致职工加班后无法获得加班费，最终法院或劳动仲裁机构判决企业支付加班费和经济补偿。
总结与建议：
不定时工作制为特定职工群体提供了灵活的工作时间安排，但其实施需严格遵循法律法规，确保职工的合法权益得到充分保障。企业在考虑实行不定时工作制时，应全面评估自身条件和职工需求，并依法履行审批和备案程序。如果你或你所在的企业有关于不定时工作制的具体疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。