员工直接不来上班，公司是有权进行处理的，但具体处理方式需根据实际情况和公司规章制度来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、公司规章制度的角度

1. 规章制度的重要性：公司规章制度是公司内部管理的重要依据，它规定了员工的行为规范和公司的管理措施。如果员工违反规章制度，公司有权依据规章制度进行处理。
2. 规章制度的内容：针对员工不来上班的情况，公司规章制度中通常会明确规定旷工的定义、旷工的后果以及处理措施。例如，规章制度可能规定旷工达到一定天数，公司有权解除劳动合同。
3. 规章制度的合法性：公司在制定规章制度时，必须确保其内容合法、合理，并且已经向员工进行了公示或告知。如果规章制度违反法律法规或侵犯员工权益，那么该规章制度将无效，公司不能依据其进行处理。

二、法律法规的角度

1. 劳动合同的履行：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，员工和公司应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。员工不来上班，属于未履行劳动合同约定的义务，公司有权要求员工继续履行或采取其他措施。
2. 旷工的处理：虽然法律法规没有直接规定旷工的具体处理措施，但赋予了公司根据实际情况制定规章制度的权利。因此，公司可以在规章制度中明确旷工的处理方式，如扣发工资、解除劳动合同等。但需要注意的是，公司在处理旷工员工时，必须确保处理措施合法、合理，并且已经向员工进行了告知。
3. 解除劳动合同的条件：如果员工旷工行为严重违反公司规章制度，且公司规章制度中明确规定了旷工达到一定天数可以解除劳动合同，那么公司有权依据规章制度解除与员工的劳动合同。但解除劳动合同前，公司应当确保已经履行了必要的程序，如通知工会、听取员工意见等。

三、实际操作的角度

1. 沟通与了解：在发现员工不来上班后，公司应当首先与员工进行沟通，了解员工不来上班的原因。如果员工有合理的理由（如生病、家庭变故等），公司应当给予理解和支持；如果员工无正当理由不来上班，公司应当明确告知员工其行为的后果，并要求员工尽快返回工作岗位。
2. 依据规章制度处理：如果员工无正当理由不来上班，且公司规章制度中明确规定了旷工的处理措施，那么公司应当依据规章制度进行处理。在处理过程中，公司应当确保处理措施合法、合理，并且已经向员工进行了告知。
3. 保留证据：在处理员工不来上班的问题时，公司应当保留相关证据，如考勤记录、沟通记录等。这些证据将有助于公司在后续的法律纠纷中维护自己的权益。

总结与建议：员工直接不来上班，公司是有权进行处理的。但具体处理方式需根据实际情况和公司规章制度来确定。在处理过程中，公司应当确保处理措施合法、合理，并且已经向员工进行了告知。如果员工旷工行为严重违反公司规章制度，公司有权解除劳动合同，但解除前应当履行必要的程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。