针对您提出的“员工不来上班但在家有办公，公司应如何处理”的问题，这确实是一个涉及员工管理、劳动法规以及公司规章制度的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确员工不来上班但在家办公的具体情况。这通常可能由多种原因引起，比如员工因个人原因（如家庭事务、健康问题等）无法到岗，但愿意并能够通过远程方式完成工作任务；或者因公司安排（如疫情期间的居家办公政策）而在家工作。
一、公司应首先确认员工在家办公的合法性与合理性
检查公司规章制度：公司应首先查阅自身的规章制度，看是否有关于员工在家办公的相关规定。如果规章制度中有明确规定，公司应按照规定执行。
与员工沟通：如果公司规章制度中没有明确规定，或者规定不够明确，公司应与员工进行沟通，了解员工不来上班但在家办公的具体原因和情况，以及员工能否保证工作质量和效率。
二、根据具体情况采取相应措施
如果员工因公司安排或特殊原因（如疫情）在家办公：
- 公司应确保员工能够正常接入公司的工作系统，提供必要的工作条件和资源。
- 公司应与员工明确工作任务、工作目标和考核标准，确保员工在家办公期间的工作质量和效率。
- 公司应按照正常劳动支付员工在家办公期间的工资，除非双方有特别约定（如使用带薪年休假等）。
如果员工未经公司同意擅自在家办公：
- 公司应首先与员工进行沟通，了解其不来上班的原因，并告知其公司规章制度和劳动纪律。
- 如果员工无正当理由且拒绝到岗上班，公司可以按照规章制度中的旷工条款进行处理，如扣罚工资、警告、甚至解除劳动合同等。但在此之前，公司应确保已经向员工明确告知了相关规章制度和劳动纪律，并给予了员工合理的改正机会。
三、特殊情况下的处理
- 如果员工因健康问题（如感染新冠病毒）无法到岗但能够在家办公：公司应给予员工必要的理解和支持，按照正常劳动支付工资，并关注员工的健康状况。
- 如果员工违反政府疫情防控措施拒绝治疗、医学观察、医学检查、隔离等，且因此无法到岗上班：公司可以根据劳动法或劳动合同法的相关规定，与员工解除劳动合同。但在此之前，公司应确保已经向员工明确告知了相关政府措施和公司要求，并给予了员工合理的改正机会。
四、建议与预防措施
- 完善公司规章制度：公司应制定和完善关于员工在家办公、旷工、劳动纪律等方面的规章制度，并确保员工已经知晓并同意遵守。
- 加强沟通与培训：公司应加强与员工的沟通，定期组织培训，提高员工对规章制度和劳动纪律的认识和遵守意识。
- 建立灵活的工作机制：在可能的情况下，公司可以建立更加灵活的工作机制，如弹性工作制、远程办公等，以适应不同员工的需求和情况。
综上所述，公司处理员工不来上班但在家办公的问题时，应首先确认员工在家办公的合法性与合理性，然后根据具体情况采取相应措施，并加强沟通与培训，建立灵活的工作机制以预防类似问题的再次发生。