核心前提：员工在单位上夜班期间突发脑血栓，涉及赔偿问题。
核心结论与详细分析：
工伤认定角度：
- 一般情况：根据《工伤保险条例》，工伤通常指在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害，或从事与工作有关的预备性或收尾性工作受到事故伤害等情形。脑血栓作为一种疾病，其是否构成工伤需具体分析。
- 特殊情形：若员工能证明脑血栓的发作与工作有直接因果关系，例如因长时间高强度夜班工作导致身体极度疲劳，进而诱发脑血栓，且该因果关系得到医学鉴定确认，那么有可能被认定为工伤。但此情形下，举证责任较重，需充分证据支持。
- 非工伤情形：若脑血栓的发作与工作无直接关联，或无法证明其与工作有因果关系，则通常不被认定为工伤，此时单位无需承担工伤保险责任。
单位责任角度：
- 非工伤下的单位责任：即使脑血栓不被认定为工伤，单位仍可能因未尽到安全保障义务而承担一定责任。例如，若单位安排员工长时间连续夜班，未提供必要的休息设施或健康检查，导致员工健康受损，单位可能需承担部分民事赔偿责任。
- 具体责任确定：单位责任的具体范围需根据员工实际损失、单位过错程度等因素综合判断。若单位已尽到合理安全保障义务，则可能无需承担责任或承担较小责任。
赔偿途径与建议：
- 工伤认定申请：员工应首先尝试通过工伤认定程序维护自身权益，向当地社会保险行政部门提交工伤认定申请，并提供相关证据材料。
- 民事诉讼途径：若工伤认定未获支持，员工可考虑通过民事诉讼途径向单位主张赔偿，需准备充分证据证明单位存在过错及自身损失情况。
- 协商与调解：在诉讼前，员工可尝试与单位进行协商或寻求第三方调解机构介入，以达成和解协议，快速解决纠纷。
总结与建议：员工在单位上夜班期间突发脑血栓的赔偿问题需从工伤认定和单位责任两个角度综合分析。建议员工首先尝试申请工伤认定，并准备充分证据支持其主张；若工伤认定未获支持，可考虑通过民事诉讼或协商调解途径维护自身权益。如有具体法律问题或需要进一步法律帮助，可直接向我咨询。