关于建设工程施工合同纠纷中成本控制协议约定乙方支付垫资成本条款的效力问题，结论如下：

1. 条款有效性的基本判断：

   • 在建设工程施工合同中，成本控制协议若明确约定乙方（施工方）需支付垫资成本，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，同时双方当事人在签订合同时具有相应的民事行为能力，且意思表示真实，则该条款原则上有效。这是因为合同自由原则允许当事人在不违反法律强制性规定的前提下，自由约定合同内容，包括成本分担、垫资及其成本等。

2. 需考虑的具体因素：

   • 合法性审查：首要的是审查该条款是否违反了法律、行政法规的强制性规定。例如，若垫资成本约定过高，可能涉及高利贷问题，此时需根据相关法律法规判断其合法性。但一般而言，单纯的垫资成本约定，并不直接等同于高利贷，除非其利率远超法定上限。
   • 公平性考量：虽然合同自由原则允许当事人自由约定，但若条款显失公平，如乙方承担的垫资成本过高，严重超出其承受能力，且甲方未提供相应对价或保障，则可能因违反公平原则而被认定为无效或可撤销。
   • 合同目的与履行可能性：还需考虑该条款是否与合同目的相符，以及乙方是否具备履行该条款的能力。若条款导致合同目的无法实现，或乙方根本无法履行，则可能影响条款的效力。

3. 实践中的操作建议：

   • 明确约定：在签订成本控制协议时，双方应明确约定垫资成本的具体计算方式、支付时间、支付条件等，以避免后续纠纷。
   • 风险评估：乙方在签订合同前，应对自身的资金状况、融资能力等进行全面评估，确保能够承担垫资成本。
   • 法律审查：在签订合同前，双方可寻求专业律师的法律审查，确保合同条款的合法性、公平性和可履行性。

4. 可能的法律后果：

   • 若条款有效：则乙方需按照约定支付垫资成本，若违约则需承担相应的违约责任。
   • 若条款无效或可撤销：则乙方可能无需支付或仅需支付部分垫资成本，且可能无需承担违约责任。但具体后果需根据法院或仲裁机构的裁决确定。

总结来说，建设工程施工合同纠纷中成本控制协议约定乙方支付垫资成本的条款，在符合法律、行政法规强制性规定，不违背公序良俗，且双方意思表示真实的情况下，原则上有效。但具体效力还需结合合同内容、履行情况等因素进行综合判断。若您在此方面遇到具体问题，欢迎直接向我咨询。