政府投资项目约定由施工单位垫资建设，建设工程合同并不必然会被认定无效。以下从不同角度进行详细分析：
法律法规层面
部门规章的禁止性规定：
- 2006年，建设部、国家发展和改革委员会、财政部、中国人民银行联合下发了《关于严禁政府投资项目使用带资承包方式进行建设的通知》，明确严禁政府投资项目使用带资承包方式进行建设。然而，这一通知属于部门规章，并不属于《合同法》（现已被《民法典》取代，但相关原则仍适用）第五十二条所规定的评价合同是否有效的效力层级。即，部门规章的禁止性规定并不直接导致合同无效。
法律、行政法规的效力性强制性规定：
- 根据《民法典》的相关规定，只有违反法律、行政法规的效力性强制性规定的合同才被认定为无效。目前，从法律、行政法规层面看，并没有明确的禁止性规定指出政府投资项目中的垫资行为必然导致合同无效。
司法解释对垫资行为的认可：
- 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》明确了垫资行为的合法性。该解释规定，当事人对垫资和垫资利息有约定的，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持（但约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外）。这进一步证明了垫资行为在司法实践中的合法性。
实际操作与风险防控
垫资施工的风险：
- 对于施工企业而言，垫资施工确实具有较大的风险。这包括资金链断裂、发包人资信不佳导致的回款困难等。因此，施工企业在决定是否垫资施工时，应充分评估风险。
风险防控措施：
- 施工企业在垫资施工前，应调查核实发包人的资信情况，包括项目的真实性、项目资金来源以及到位情况、既往经营情况、履约情况、履约能力以及社会信誉等。
- 在施工合同中，应明确约定垫资利息，并可以要求建设单位提供垫资担保，以降低自身经营风险。
结论与建议
政府投资项目约定由施工单位垫资建设，并不直接导致建设工程合同无效。然而，施工企业在决定是否垫资施工时，应充分考虑风险，并采取相应的风险防控措施。如果遇到相关法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。