建设工程合同中约定了仲裁条款，通常是有效的。以下从多个角度进行详细分析：

一、仲裁条款有效的法律基础

根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。在建设工程合同中，如果双方明确约定了仲裁条款，并且该条款符合法律规定的要件，如明确约定了仲裁机构、仲裁事项等，那么该仲裁条款就具有法律效力。这意味着，一旦合同双方发生纠纷，就需要按照仲裁程序来解决，而不是直接向法院提起诉讼。

二、仲裁条款有效的具体条件

1. 明确的仲裁意思表示：合同双方必须明确表示愿意将纠纷提交仲裁解决，这是仲裁条款有效的基础。
2. 具体的仲裁事项：仲裁条款中必须明确哪些争议属于仲裁范围，避免因为事项不明确而导致仲裁协议无效。
3. 选定的仲裁委员会：合同双方必须选定一个具体的仲裁机构进行仲裁，这是仲裁程序得以进行的关键。

三、仲裁条款可能无效的情形

尽管仲裁条款在大多数情况下是有效的，但也存在一些可能导致其无效的情形，例如：

1. 约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围：如果仲裁条款中约定的仲裁事项超出了法律规定的范围，那么该条款可能无效。
2. 无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议：这类人群由于缺乏完全的民事行为能力，因此他们订立的仲裁协议可能无效。
3. 一方采取胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议：如果仲裁协议是在一方胁迫下订立的，那么该协议可能无效。

四、仲裁条款有效后的法律后果

如果建设工程合同中的仲裁条款有效，那么一旦合同双方发生纠纷，就需要按照仲裁程序来解决。仲裁裁决具有终局性，对双方均有约束力。这意味着，一旦仲裁机构作出裁决，双方就必须履行，不能再向法院提起诉讼（除非存在法定撤销情形）。

五、实际案例与操作建议

在实际操作中，为了确保仲裁条款的有效性，合同双方在签订合同时应该谨慎考虑，并确保仲裁条款符合法律规定的要件。例如，可以明确约定仲裁机构为“某市仲裁委员会”，并明确约定仲裁事项为“因本合同引起的或与本合同有关的任何争议”。

建议：

• 在签订建设工程合同时，务必仔细审查仲裁条款，确保其合法有效且符合自身需求。
• 如果对仲裁条款的效力存在疑虑，可以咨询专业律师进行评估和修改。
• 在发生纠纷后，如果合同中有有效的仲裁条款，应该按照仲裁程序来解决，而不是直接向法院提起诉讼。

综上所述，建设工程合同中约定了仲裁条款，在符合法律规定的前提下，通常是有效的。合同双方应该充分了解仲裁条款的法律效力和可能存在的风险，并在签订合同时谨慎考虑。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。