在建设施工合同纠纷中，如果双方已经约定了仲裁条款，那么这一条款将成为解决争议的重要依据。以下是对这一问题的详细解答，旨在帮助您清晰理解并妥善处理此类纠纷：

一、确认仲裁条款的有效性

首先，您需要仔细审查合同中的仲裁条款，确保其明确、具体且合法存在。仲裁条款应包含以下几个关键要素：

1. 明确的仲裁意愿：双方应一致同意将因合同引起的或与合同有关的任何争议提交仲裁解决。
2. 选定的仲裁委员会：应明确指定一个具体的仲裁委员会，如中国国际经济贸易仲裁委员会或各地仲裁委员会等。
3. 确定的仲裁规则：应明确仲裁应按照所选仲裁委员会现行有效的仲裁规则进行。
4. 明确的仲裁事项范围：应界定哪些争议属于仲裁解决的范围，如合同解释、履行、违约、解除及终止等产生的争议。

如果仲裁条款存在模糊、不明确或违法的情况，可能会影响其有效性，进而影响仲裁进程。因此，在确认仲裁条款有效性时，如有疑义，建议及时咨询专业律师。

二、准备仲裁申请与证据

一旦确认仲裁条款有效，且双方无法通过协商解决争议，您就可以准备仲裁申请了。在准备仲裁申请时，您需要：

1. 撰写仲裁申请书：明确、具体地提出仲裁请求，并附上相关的事实和理由。
2. 收集和整理证据：全面收集与合同相关的所有证据，如合同文本、施工图纸、变更通知、施工记录、验收报告、往来函件、付款凭证等。对证据进行分类、编号，并确保其真实性、关联性和完整性。

三、提交仲裁申请并等待受理

将仲裁申请书和相关证据材料提交给约定的仲裁委员会，并按规定预交仲裁费用。仲裁委员会在收到申请后，会在五日内进行审查。如果认为符合受理条件，会决定立案并通知您；如果不符合受理条件，则会书面通知您不予受理，并说明理由。

四、参与开庭审理与裁决

如果仲裁申请被受理，您将需要参与开庭审理。在开庭审理过程中，您应：

1. 选择合适的仲裁员：从仲裁委员会提供的名单中，选择熟悉建筑工程领域的仲裁员，以确保仲裁的公正性和专业性。
2. 清晰表达观点：在仲裁庭上陈述观点、举证质证、进行辩论。遵守仲裁庭的纪律和程序规则，清晰、有条理地表达己方观点和主张。
3. 接受裁决：仲裁庭在查明事实、分清是非的基础上，会依法对当事人之间的权利义务关系作出裁断。裁决书一经作出即发生法律效力，您应自觉履行。

五、后续执行或救济

如果裁决生效后，对方不履行裁决义务，您可以向人民法院申请强制执行。同时，如果您对仲裁裁决不服，且在特定情况下（如裁决存在法定撤销情形），您还可以在收到裁决书之日起十五日内向人民法院申请撤销裁决。但需注意，这一救济途径存在特定限制，并非所有情况下都适用。

六、特别提示

1. 仲裁条款的独立性：仲裁条款具有独立性，其效力不受合同其他条款效力的影响。即使合同本身存在问题，仲裁条款仍然有效。
2. 调解优先：在仲裁过程中，仲裁庭可能会先行调解，促使您双方自愿达成协议。调解书经双方当事人签收后，具有法律效力。

综上所述，建设施工合同纠纷中约定了仲裁条款时，您应首先确认仲裁条款的有效性，然后准备仲裁申请与证据，提交给约定的仲裁委员会并等待受理。在参与开庭审理与裁决过程中，您应积极表达观点、接受裁决，并在必要时寻求后续执行或救济。希望这些解答能帮助您妥善处理建设施工合同纠纷中的仲裁问题。