当合同中约定了仲裁条款时，法院的处理方式通常遵循以下原则：

1. 一般情况下，法院会裁定不予受理：

   • 仲裁条款具有排除法院管辖的效力。一旦当事人在合同中明确约定通过仲裁来解决纠纷，法院通常会尊重这一约定，裁定不予受理涉及该纠纷的案件。
   • 法院会履行告知义务，告知当事人向约定的仲裁机构申请仲裁，由仲裁机构依据相关仲裁规则进行处理。

2. 存在特殊情况时，法院会根据具体情形进行审慎处理：

   • 仲裁条款无效：如果仲裁条款的内容违反了法律的强制性规定，或者存在其他导致条款无法生效的情形（如无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等），法院会认定仲裁条款无效，并继续审理案件。
   • 约定不明确：如果仲裁条款的约定不明确，使得在具体纠纷处理中无法确定仲裁机构的管辖权等，法院也可能会根据具体情况进行审慎处理，甚至可能继续审理案件。
   • 仲裁机构无管辖权或仲裁程序违法：如果仲裁机构被认定为无管辖权，或者仲裁程序存在违法等严重问题，当事人则有权向法院起诉。法院会受理此类案件，并进行审理。

3. 法院立案后的处理：

   • 如果法院在立案后才发现合同中约定了仲裁条款，且该仲裁条款有效，对方可以提出管辖异议，主张案件应通过仲裁解决。法院会对管辖异议进行审查，若认为确应通过仲裁解决，则会裁定驳回起诉，将案件移送至仲裁机构。
   • 若法院认为不应通过仲裁解决（如仲裁条款无效、约定不明确等），可能会继续审理案件。

法律建议：

• 在签订合同时，应仔细审查仲裁条款的内容，确保其合法、有效且明确具体。
• 如果发生纠纷，且合同中约定了仲裁条款，应优先向约定的仲裁机构申请仲裁，以维护自身权益。
• 如果对仲裁结果不满意，或者仲裁程序存在违法等严重问题，可以考虑向法院起诉。但在此之前，应充分了解相关法律规定和程序要求。

总结： 当合同中约定了仲裁条款时，法院通常会尊重当事人的约定，裁定不予受理涉及该纠纷的案件，并告知当事人向约定的仲裁机构申请仲裁。但在存在特殊情况（如仲裁条款无效、约定不明确、仲裁机构无管辖权或仲裁程序违法等）时，法院会根据具体情形进行审慎处理。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。