当法院在受理案件后发现有仲裁条款时，其处理方式主要依据《中华人民共和国仲裁法》及相关司法解释来进行。以下是对这一问题的详细解答：
一、仲裁条款的效力与确认
首先，我们需要明确仲裁条款的定义及其效力。仲裁条款是当事人在合同中明确约定的，将未来可能因该合同产生的争议提交仲裁解决的条款。这种条款具有独立性，即合同的变更、解除、终止或无效，都不会影响仲裁条款的效力。
在确认仲裁条款的效力时，法院会依据《中华人民共和国仲裁法》及相关司法解释进行审查。关键在于仲裁条款是否明确约定了仲裁事项、选定了仲裁委员会，并且不存在无效的情形。
二、法院发现仲裁条款后的处理流程
审查仲裁条款的有效性：
- 法院在受理案件后，若发现存在仲裁条款，会首先对其有效性进行审查。这包括检查仲裁条款是否明确、具体，以及是否符合法律规定的仲裁范围。
通知当事人并征求意见：
- 确认仲裁条款有效后，法院会及时通知双方当事人，并征求他们对案件处理的意见。这是为了保障当事人的知情权和选择权。
根据当事人意愿或法律规定处理：
- 双方同意仲裁：如果双方当事人均同意通过仲裁方式解决争议，法院会尊重当事人的选择，驳回起诉，并告知当事人向约定的仲裁机构申请仲裁。
- 一方坚持法院审理，另一方提出仲裁协议抗辩：
- 若仲裁条款有效，且另一方当事人在首次开庭前提出异议，法院会驳回起诉，因为有效的仲裁协议排除了法院的管辖权。
- 若仲裁条款无效（如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等），或者另一方当事人未在首次开庭前提出异议，则视为放弃仲裁协议，法院会继续审理案件。
三、特别注意事项
- 首次开庭前提出异议的重要性：根据法律规定，另一方当事人必须在首次开庭前对法院受理案件提出异议，否则将视为放弃仲裁协议，法院将继续审理案件。
- 仲裁协议无效的情形：需要特别注意仲裁协议可能无效的情形，如上述提到的超出仲裁范围、无民事行为能力人订立、胁迫订立等。
- 遵循特别规定和司法解释：在处理法院与仲裁的关系时，还需关注法律的特别规定以及相关司法解释，以确保案件处理的准确性和合法性。
综上所述，当法院受理后发现有仲裁条款时，会首先审查其有效性，并根据当事人的意愿或法律规定来决定是否继续审理案件。这一过程既体现了对当事人选择权的尊重，也确保了法律程序的公正和效率。