当您将案件起诉至法院后，如果发现存在仲裁条款，法院的处理方式会依据多个因素来决定，主要包括仲裁协议的效力、当事人是否明示仲裁条款以及在首次开庭前是否提出异议等。下面我将为您详细解析这一情况：

一、仲裁协议的效力与尊重

根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，如果当事人之间达成了有效的仲裁协议，并且该协议明确约定了通过仲裁方式解决争议，那么当一方将案件起诉至法院时，法院在原则上是不予受理的，除非仲裁协议被认定为无效。这体现了法律对仲裁作为一种纠纷解决机制的尊重和优先性。

二、当事人明示与未明示仲裁条款的处理

1. 当事人明示仲裁条款：

   • 如果当事人在起诉时就已经向法院明示了存在仲裁条款，那么按照法律规定，法院将不会受理该案件，而是会直接告知当事人按照仲裁协议进行仲裁。

2. 当事人未明示仲裁条款，法院已受理案件：

   • 如果当事人在起诉时没有明示仲裁条款，但法院已经受理了案件，那么另一方在首次开庭前提交仲裁协议的，人民法院应当驳回起诉，但前提是仲裁协议是有效的。
   • 如果另一方在首次开庭前没有对人民法院受理该案提出异议，那么这将被视为放弃仲裁协议，人民法院将继续审理该案件。

三、特殊情况的处理

1. 仲裁协议无效：

   • 仲裁协议可能因为缺乏必要条款、约定的仲裁机构不存在、仲裁事项超出法律规定的仲裁范围等原因而被认定为无效。在这种情况下，法院将继续对案件进行审理。

2. 仲裁程序无法正常进行：

   • 在某些特殊情况下，如仲裁程序无法正常进行或者仲裁庭无法组成时，虽然法律没有直接规定可以向法院申请暂停仲裁程序并转向诉讼，但当事人可以根据实际情况和公平原则，考虑向法院寻求救济途径。法院将根据具体情况决定是否受理案件。

四、法律特别规定与司法解释的考虑

在处理涉及仲裁条款的案件时，还需要充分考虑法律的特别规定以及相关司法解释。例如，某些特殊类型的纠纷可能只能通过特定的途径解决（如劳动争议需先经过劳动仲裁），或者在某些情况下法院可以依职权决定是否受理案件等。这些特别规定和司法解释对于正确理解和适用法律具有重要意义。

总结与建议

综上所述，当您在诉讼中发现存在仲裁条款时，应首先审查仲裁协议的效力，并考虑是否在首次开庭前向法院提出异议。同时，建议您在签订合同时就明确约定仲裁条款，并在发生纠纷时根据具体情况选择合适的解决方式。如果法院已经受理了案件，但您认为存在有效的仲裁协议，应及时向法院提出异议，以维护自己的合法权益。