工程建设纠纷在双方存在有效仲裁协议的前提下，可以通过仲裁方式解决。以下从多个角度详细分析这一问题：

一、仲裁的法律依据与适用范围

根据《中华人民共和国仲裁法》第二条的规定，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。工程建设纠纷作为合同纠纷的一种，自然属于可仲裁的范围。同时，《仲裁法》第三条明确列出了不能仲裁的纠纷类型，如婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷以及依法应当由行政机关处理的行政争议，工程建设纠纷并不包含在内。

二、仲裁协议的有效性要求

为了确保工程建设纠纷能够通过仲裁方式解决，双方当事人必须自愿达成有效的仲裁协议。该协议可以在工程建设合同中明确约定，也可以在纠纷发生前或发生后以其他书面方式另行达成。有效的仲裁协议应包含以下内容：

1. 请求仲裁的意思表示：即双方当事人明确表示愿意将纠纷提交仲裁解决。
2. 仲裁事项：针对哪些具体的工程建设纠纷进行仲裁，如工程价款的结算与支付纠纷、工程质量纠纷、工期延误纠纷等。
3. 选定的仲裁委员会：双方需共同选定一个具有管辖权的仲裁委员会来处理纠纷。

三、仲裁的优势

与诉讼相比，仲裁在工程建设纠纷领域具有以下显著优势：

1. 程序灵活：当事人可以选择自己信任的仲裁员，并根据实际情况灵活安排仲裁程序，提高纠纷解决的效率。
2. 专业性强：仲裁员通常具备专业的工程技术和法律知识，能够更好地理解和处理复杂的工程建设纠纷。
3. 高效保密：仲裁实行一裁终局制，相较于诉讼的多级审判程序，能更高效地解决纠纷。同时，案件不公开审理，有利于保护当事人的商业秘密和声誉。
4. 执行性强：仲裁裁决具有法律效力，当事人必须履行。且根据国际条约，仲裁裁决可以在多个国家得到承认和执行，为国际工程建设纠纷的解决提供了便利。

四、无仲裁协议时的处理方式

如果双方没有达成有效的仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会将不予受理。此时，当事人只能通过向有管辖权的人民法院提起诉讼来解决工程建设纠纷。诉讼虽然程序相对复杂且耗时较长，但在某些情况下可能是当事人维护自身权益的必要选择。

五、注意事项与风险防控

1. 确保仲裁协议的有效性：仲裁协议必须合法有效，否则仲裁程序将无法启动或裁决可能无法得到执行。因此，当事人在签订仲裁协议时应当谨慎考虑并确保其有效性。
2. 选择合适的仲裁委员会：不同的仲裁委员会在专业领域、办案效率、费用等方面可能存在差异。当事人应当根据工程建设纠纷的具体情况和自身需求选择合适的仲裁委员会。
3. 遵守仲裁程序：当事人在仲裁过程中应当遵守仲裁程序的规定，如按时参加庭审、提供证据等。否则，可能会影响仲裁结果的公正性和合法性。

综上所述，工程建设纠纷在满足一定条件下可以通过仲裁方式解决。当事人在选择仲裁作为纠纷解决方式时，应充分了解仲裁的相关规定和程序要求，并确保双方已达成有效的仲裁协议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。