工程合同中约定了仲裁条款的，一般情况下不能向法院起诉，而应通过仲裁解决纠纷。以下是对这一问题的详细分析：
仲裁条款的效力
在工程合同中，双方当事人可以约定仲裁条款，即约定在发生争议时，通过仲裁方式解决纠纷，而非通过诉讼。根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁条款具有排除法院管辖的效力。这意味着，一旦合同中约定了有效的仲裁条款，当事人就应当通过仲裁来解决争议，而不能向法院提起诉讼。
仲裁条款无效或不可执行的情况
当然，也存在一些特殊情况，使得仲裁条款可能无效或不可执行，此时当事人可以向法院起诉：
仲裁条款无效：如果仲裁条款存在法定无效情形，如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等，那么该仲裁条款无效，当事人可以向法院起诉。
仲裁机构不存在或无法确定：如果仲裁条款中约定的仲裁机构不存在，或者虽然存在但无法确定具体的仲裁机构，导致仲裁协议无法执行，那么当事人也可以向法院起诉。
当事人对仲裁协议的效力有异议：如果当事人对仲裁协议的效力有异议，并请求法院作出裁定，而法院裁定仲裁协议无效的，那么当事人也可以向法院起诉。但需要注意的是，根据《仲裁法》的规定，当事人对仲裁协议的效力有异议，应当在仲裁庭首次开庭前提出。
实际操作建议
仔细审查合同：在签订工程合同时，务必仔细审查合同中的仲裁条款，确保其内容明确、合法有效。如果合同中已经约定了仲裁条款，且不存在无效或不可执行的情形，那么当事人就应当遵守该条款，通过仲裁解决纠纷。
及时提出异议：如果当事人对仲裁协议的效力有异议，或者发现仲裁条款存在无效或不可执行的情形，应当及时向法院提出异议或申请裁定仲裁协议无效。否则，一旦仲裁庭开始审理案件，当事人就可能失去向法院起诉的机会。
寻求专业帮助：在处理涉及仲裁条款的工程合同纠纷时，建议当事人寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况，为当事人提供专业的法律意见和建议，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。
总结来说，工程合同中约定了仲裁条款的，一般情况下应通过仲裁解决纠纷。但在仲裁条款无效或不可执行的情况下，当事人可以向法院起诉。因此，在处理涉及仲裁条款的工程合同纠纷时，当事人应当仔细审查合同、及时提出异议，并寻求专业帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。