结论：女医生52岁申请劳动仲裁，劳动仲裁机构以超过退休年龄为由不予受理是否合法，需根据具体情况判断。若该女医生已享受基本养老保险待遇，则劳动仲裁机构不予受理通常是合法的；若未享受养老保险待遇或存在特殊劳动关系，且争议属于劳动仲裁受理范围，则劳动仲裁机构不予受理可能不合法。

详细分析：

1. 一般原则与劳动关系界定：

   • 劳动仲裁主要处理劳动者与用人单位之间因劳动权益产生的争议。退休年龄是劳动关系转变的重要界限，达到法定退休年龄后，劳动者与用人单位的关系通常转变为劳务关系。
   • 根据我国退休年龄政策，女职工的退休年龄根据原退休年龄不同，将逐步延迟至五十五周岁或五十八周岁（自2025年1月1日起实施）。若该女医生已达到或超过这一年龄，且已享受基本养老保险待遇，则其与用人单位之间的关系被视为劳务关系。

2. 劳务关系与劳动仲裁：

   • 若女医生已开始依法享受基本养老保险待遇，其与用人单位之间的关系被视为劳务关系。此时发生的争议不再受劳动法律规范调整，而是按照民事法律关系处理。因此，劳动仲裁机构一般不受理基于劳动关系的仲裁申请，这一做法通常是合法的。

3. 特殊情况下的受理可能性：

   • 未享受养老保险待遇：若女医生虽超过退休年龄，但未依法享受基本养老保险待遇或领取退休金，且与用人单位仍存在事实劳动关系，因劳动报酬、工作时间等劳动争议事项申请劳动仲裁，劳动仲裁机构可能会根据具体情况进行审查和受理。在这种情况下，劳动仲裁机构不予受理可能不合法。
   • 特定争议类型：即使女医生已享受养老保险待遇，若争议属于劳务合同纠纷等与劳务关系相关的事项，如劳务报酬支付标准、支付时间等有明确书面约定并产生纠纷，部分地区的仲裁机构可能会作为普通民事争议案件受理。但这并不属于劳动仲裁的受理范围，而是属于民事诉讼的范畴。

4. 实际操作建议：

   • 由于各地法律法规和实际情况可能存在差异，对于超过退休年龄申请劳动仲裁是否受理的问题，不能一概而论。
   • 建议该女医生先咨询当地的劳动仲裁机构或向我这样的专业律师了解具体的法律规定和实际情况，并根据专业意见作出相应决策。如果劳动仲裁机构不予受理，且争议属于民事诉讼范畴，女医生还可以考虑向人民法院提起诉讼来维护自己的权益。

法律背景：

• 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关规定，劳动仲裁机构主要受理劳动者与用人单位之间因劳动权益产生的争议。退休年龄是劳动关系转变的重要界限，达到法定退休年龄后，劳动者与用人单位的关系通常转变为劳务关系，此时发生的争议不再受劳动法律规范调整。
• 然而，对于未享受养老保险待遇或存在特殊劳动关系的劳动者，即使超过退休年龄，其与用人单位之间的争议仍可能属于劳动仲裁的受理范围。

可能后果：

• 如果劳动仲裁机构以超过退休年龄为由不予受理，且该女医生确实存在劳动争议且未享受养老保险待遇或存在特殊劳动关系，那么她可能会错过通过劳动仲裁维护自己权益的机会。
• 但如果该女医生已经享受养老保险待遇或争议不属于劳动仲裁受理范围，那么劳动仲裁机构不予受理则是合法的，她需要通过其他途径（如民事诉讼）来维护自己的权益。

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