结论：上夜班12小时后公司将其算作月休是否合法，需根据具体情况判断，若公司安排的上夜班12小时本身符合劳动法规定的工作时长和休息休假安排，且将该班次后的休息时间合理计入月休，同时未损害员工其他合法权益，则可能合法；反之，若公司以此方式变相延长工作时间、未支付加班费或未保障员工其他休息权益，则不合法。以下从不同角度详细分析：

一、从工作时间和休息休假的法律规定角度

根据《劳动法》的相关规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。同时，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。对于实行不定时工作制或综合计算工时工作制的岗位，需经劳动行政部门批准，并按照相关规定执行。

1. 若公司安排的上夜班12小时符合综合计算工时制：

   • 在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
   • 如果公司已依法申请并获批实行综合计算工时制，且上夜班12小时后的休息时间被合理计入月休，同时确保员工在综合计算周期内的平均工作时间不超过法定标准，那么这种安排可能是合法的。

2. 若公司未依法申请综合计算工时制或实行标准工时制：

   • 在标准工时制下，劳动者每日工作时间不得超过8小时，每周工作时间不得超过40小时。
   • 如果公司安排员工上夜班12小时，且未支付加班费或未安排补休，同时将该班次后的休息时间算作月休，这种安排很可能违反了劳动法的规定，因为员工的工作时间超过了法定标准，且休息权益未得到保障。

二、从加班费支付的角度

根据《劳动法》的规定，安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

1. 若公司未支付加班费：

   • 如果公司安排员工上夜班12小时，但未按照法律规定支付加班费，同时将该班次后的休息时间算作月休，这种安排显然是不合法的，因为公司未履行支付加班费的法定义务。

2. 若公司已支付加班费或安排补休：

   • 如果公司已依法支付加班费或安排了补休，且上夜班12小时后的休息时间被合理计入月休，同时确保员工的整体休息权益未受损害，那么这种安排可能是合法的。但需注意，补休应是在员工同意的前提下进行，且不得影响员工的正常生活和健康。

三、从员工权益保障的角度

无论公司采用何种工时制度，都应确保员工的合法权益得到保障。这包括但不限于：

• 合理的休息时间：员工应享有足够的休息时间，以恢复体力和精力，保障身心健康。
• 公平的薪酬待遇：员工应获得与其付出相匹配的薪酬待遇，包括加班费等。
• 合法的劳动条件：公司应提供符合安全卫生标准的劳动条件，保障员工的人身安全和健康。

建议：如果您对公司将上夜班12小时算作月休的安排存在疑问或不满，建议您首先与公司进行沟通协商，明确公司的工时制度和休息休假安排是否符合法律规定。如果沟通无果或您认为公司的安排侵犯了您的合法权益，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。