结论前置：在大多数情况下，公司实行12小时工作制且月休3天的工作安排是不合法的，因为它违反了我国关于工作时间和休息时间的法律规定。不过，也存在一些特殊情形，在获得相关劳动行政部门批准后，可以实行不同于标准工时的工作制度。以下是对这一问题的详细分析：
一、标准工时制度与普遍规定
根据《国务院关于职工工作时间的规定》，我国目前实行的是劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度，同时用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日。按照这一标准，“12小时工作制且月休3天”的工作安排，显然超出了法定工作时间和休息时间。具体来说，如果按照每月30天计算，月休3天意味着实际工作27天，每天12小时，则每月总工作时间为324小时，远超每周44小时、每月约176小时（按4周计算）的标准。
二、加班时间限制
《中华人民共和国劳动法》进一步规定，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，需与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊情况下延长工作时间每日不得超过三小时，但每月不得超过三十六小时。显然，“12小时工作制且月休3天”的安排也远超了这一加班时间上限。即使考虑特殊情况下的加班，也难以合理解释如此长时间的工作安排。
三、特殊工时制度
尽管上述规定看似严格，但也存在一些例外情况。对于某些特定行业或岗位，如企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员等，以及交通、铁路、邮电等行业中因工作性质特殊需连续作业的职工，经劳动行政部门批准，可以实行不定时工作制或综合计算工时工作制。
不定时工作制：适用于工作无法按标准工作时间衡量的职工。这种工作制下，职工的工作时间不受固定时数的限制，但用人单位仍需确保职工的休息休假权利和身体健康。
综合计算工时工作制：适用于因工作性质特殊需连续作业或受季节和自然条件限制的行业的部分职工。这种工作制下，职工的工作时间可以在一定周期内综合计算，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
然而，即使在这些特殊工时制度下，用人单位也需获得劳动行政部门的批准，并确保劳动者的休息休假权利和身体健康。同时，按照规定支付相应的劳动报酬。如果未经批准或未依法支付加班费，则仍然构成违法行为。
四、法律建议与维权途径
查询当地法律规定：由于不同地区的劳动法规定可能存在差异，建议劳动者首先查询所在地区的具体法律规定，以了解自己的权益和义务。
与用人单位协商：如果劳动者认为自己的工作时间安排不合理，可以与用人单位进行协商，寻求更合理的工作安排或加班补偿。
向劳动监察部门投诉：如果用人单位未依法安排工作时间或支付加班费，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求用人单位改正违法行为并支付相应的赔偿。
申请劳动仲裁：如果投诉无果或用人单位拒绝改正，劳动者可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
综上所述，公司实行12小时工作制且月休3天的工作安排在大多数情况下是不合法的。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取适当措施维护自己的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。