综合工资是否包括加班费，需视具体情况和合同约定而定，但通常情况下，若实际工资未包含加班费且未达到约定或法定标准，则用人单位可能存在违法行为。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
若劳动合同或公司规章制度中明确约定综合工资包含加班费：
- 在这种情况下，用人单位在支付工资时，已经将加班费计算在内。但即便如此，用人单位也需确保剔除加班费后的实际工资（若可单独计算）不低于当地最低工资标准，且加班费的支付需符合《劳动法》和《劳动合同法》中关于加班工资支付比例的规定（如工作日加班支付不低于工资的150%，休息日加班且未安排补休支付不低于工资的200%，法定节假日加班支付不低于工资的300%）。
若劳动合同或公司规章制度中未明确约定综合工资包含加班费：
- 则加班费应作为额外支付的报酬，不计入综合工资内。用人单位需单独支付加班费，且加班费的支付同样需符合上述法律法规的规定。
二、实际工资与约定或法定标准对比角度
若实际工资（剔除加班费后）低于约定或法定标准：
- 无论综合工资是否包含加班费，用人单位都需确保劳动者的实际工资（剔除加班费等特定项目后）不低于劳动合同约定的工资标准或当地最低工资标准。若低于，则用人单位需补足差额，否则可能面临劳动争议和法律责任。
若实际工资（剔除加班费后）达到或超过约定或法定标准：
- 在这种情况下，即使综合工资中未明确包含加班费，用人单位的支付行为也可能被视为合法（但需确保加班费的支付符合法律法规的规定，若实际存在加班情况）。然而，若用人单位试图通过模糊综合工资的构成来规避支付加班费的义务，则可能面临法律风险。
三、法律建议
对于劳动者：
- 仔细审查劳动合同和公司规章制度，明确综合工资的构成和加班费的支付方式。
- 若发现实际工资低于约定或法定标准，或用人单位未按规定支付加班费，可及时与用人单位协商或向劳动监察部门投诉。
对于用人单位：
- 在制定劳动合同和公司规章制度时，应明确综合工资的构成和加班费的支付方式，避免模糊表述引发争议。
- 确保实际支付的工资（剔除加班费等特定项目后）不低于劳动合同约定的工资标准或当地最低工资标准，并按时足额支付加班费。
四、可能的法律后果
- 若用人单位未按规定支付工资或加班费，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付拖欠的工资、加班费以及加付赔偿金等。
- 劳动者也有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求用人单位支付拖欠的工资、加班费及经济补偿等。
举例说明：假设某劳动者与用人单位签订的劳动合同中约定月综合工资为5000元，但未明确是否包含加班费。若该劳动者在一个月内加班了若干小时，且用人单位未单独支付加班费，同时该劳动者剔除加班费后的实际工资低于当地最低工资标准或劳动合同约定的工资标准，则用人单位需补足差额并支付加班费。若用人单位拒绝支付，则劳动者有权通过法律途径维护自己的合法权益。