针对您提出的“公积金追缴因离职协议终结办理是否合法”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，住房公积金的缴存是具有强制性的，这是由《住房公积金管理条例》以及地方性的住房公积金管理暂行办法所规定的。这意味着，无论职工与单位之间是否签订了离职协议或解除劳动关系协议，单位都有义务为职工按时、逐月、足额缴存住房公积金。

接下来，我们针对您提到的离职协议或解除劳动关系协议中包含“住房公积金”字样，并就住房公积金有关问题达成一致意见且按协议履行的情况进行分析。根据深圳市住房和建设局的相关规定，如果离职协议或解除劳动关系协议中已经明确就住房公积金问题达成了一致意见，并且双方已经按照协议履行，那么住房公积金管理中心将不予受理公积金的追缴申请。这是因为，在这种情况下，双方已经通过协议的方式解决了住房公积金的缴存问题，且已经履行完毕，因此不存在追缴的必要。

然而，如果离职协议或解除劳动关系协议中并未明确涉及住房公积金问题，或者虽然涉及但并未达成一致意见，或者虽然达成了一致意见但并未按协议履行，那么职工仍然有权向住房公积金管理中心反映情况，并要求单位进行补缴。在这种情况下，住房公积金管理中心将根据职工提供的证据材料，对单位是否未按规定缴存住房公积金进行调查核实，并依法进行处理。

至于您提到的“公司是否可以拿回赔偿给我解除劳动合同的赔偿金”的问题，这主要取决于离职协议或解除劳动关系协议中的具体条款。如果协议中明确规定了如果职工违反协议再行提出任何与劳动雇佣关系相关的争执或诉因，需要退还公司支付的全部补偿金，并且这一条款是合法有效的，那么公司在职工违反协议的情况下，确实有权要求职工退还补偿金。但是，这并不影响职工就住房公积金问题向住房公积金管理中心反映情况并要求单位进行补缴的权利。

综上所述，公积金追缴是否因离职协议终结办理合法，主要取决于离职协议或解除劳动关系协议中是否明确涉及住房公积金问题，并且是否已经达成一致意见并按协议履行。如果未涉及或未达成一致意见或未按协议履行，职工仍然有权要求单位进行补缴。同时，公司是否可以拿回赔偿金则取决于离职协议中的具体条款。希望以上解答能够对您有所帮助。