结论：公司要求员工签署不追究以前未足额缴纳公积金的协议，这种做法是不合法的。
法律背景与解释：
公积金缴纳的强制性：
- 根据《住房公积金管理条例》的相关规定，用人单位必须按照规定的比例为职工缴纳住房公积金，这是用人单位的法定义务，具有强制性。用人单位不得以任何形式免除或减轻自己的这一义务。
协议的法律效力：
- 即使员工签署了不追究以前未足额缴纳公积金的协议，这种协议也是无效的。因为该协议违反了法律的强制性规定，损害了员工的合法权益。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，违反法律、行政法规强制性规定的劳动合同或协议是无效的。
员工的权利：
- 员工有权要求用人单位补缴以前未足额缴纳的公积金。如果用人单位拒绝补缴，员工可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉，由住房公积金管理中心责令用人单位限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。
法律建议：
- 不要签署此类协议：面对公司要求签署不追究以前未足额缴纳公积金的协议时，员工应明确拒绝，并告知公司这种做法是不合法的。
- 维护自身权益：如果公司坚持要求签署或已经签署了此类协议，员工可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉，要求公司补缴以前未足额缴纳的公积金。
- 寻求法律援助：在处理此类纠纷时，如果员工感到困惑或无法自行解决，可以向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。
可能的法律后果：
- 公司方面：如果公司未按照规定为职工缴纳住房公积金，将面临住房公积金管理中心的责令限期缴存、罚款等行政处罚。如果逾期仍不缴存，还可能被申请人民法院强制执行。
- 员工方面：如果员工签署了无效的协议并放弃了追究公司未足额缴纳公积金的权利，可能会因此遭受经济损失。但员工仍然有权通过法律途径维护自己的合法权益，要求公司补缴公积金。
综上所述，公司要求员工签署不追究以前未足额缴纳公积金的协议是不合法的。员工应明确拒绝并维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。