结论前置：合同丢失并不影响公积金的追缴，这一行为是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
公积金追缴的法律依据：
- 根据《住房公积金管理条例》的相关规定，用人单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。如果用人单位未按照规定缴存，住房公积金管理中心有权责令其限期缴存。这一规定并不依赖于劳动合同的存在与否，而是基于用人单位与劳动者之间的劳动关系。
合同丢失不影响劳动关系认定：
- 劳动合同是证明劳动关系的重要证据，但并非唯一证据。即使劳动合同丢失，也可以通过其他证据（如工资单、工作证、考勤记录等）来证明劳动关系的存在。因此，合同丢失并不妨碍劳动者向住房公积金管理中心投诉或申请追缴公积金。
实际操作角度
收集其他证据：
- 在合同丢失的情况下，劳动者应积极收集其他能够证明劳动关系的证据，如工资转账记录、社保缴纳记录、工作邮件、短信通知等。这些证据将有助于住房公积金管理中心或劳动仲裁机构认定劳动关系的存在，并进而支持公积金的追缴。
向住房公积金管理中心投诉：
- 劳动者可以向当地的住房公积金管理中心投诉用人单位未缴存或未足额缴存公积金的行为。住房公积金管理中心将依法进行调查，并根据调查结果责令用人单位限期缴存或补足公积金。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果住房公积金管理中心的处理结果未能满足劳动者的诉求，劳动者还可以向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，劳动者需要提供充分的证据来证明劳动关系的存在以及用人单位未缴存或未足额缴存公积金的事实。
合法性角度
追缴公积金的合法性：
- 追缴公积金是劳动者的合法权益，也是用人单位的法定义务。无论劳动合同是否存在，用人单位都应当按照规定缴存公积金。因此，合同丢失并不影响公积金追缴的合法性。
合法追缴的途径：
- 劳动者可以通过合法途径（如向住房公积金管理中心投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼）来追缴公积金。这些途径都是受法律保护的，劳动者可以放心使用。
建议：如果你遇到了合同丢失但需要追缴公积金的情况，不要慌张。首先，积极收集其他能够证明劳动关系的证据；其次，向当地的住房公积金管理中心投诉并说明情况；最后，如果必要的话，可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。