针对您提出的问题，即使您与公司签订了协议要求后续不再以任何方式主张权利，特别是关于不追缴公积金的条款，您仍然有权向公积金管理中心主张公司补缴应缴未缴的公积金。以下是对此问题的详细分析：
首先，我们需要明确的是，住房公积金的缴存是公司的法定义务。根据《住房公积金管理条例》的相关规定，单位必须按时、足额为员工缴存住房公积金，这是保障员工住房权益的重要措施。这一义务是强制性的，不受任何双方协议的免除或限制。
其次，关于您与公司签订的“不追缴公积金”协议，该协议在法律上是无效的。因为它违反了法律法规的强制性规定，即单位必须为员工缴存住房公积金。因此，尽管双方签订了此协议，但它并不能成为公司免除缴存公积金义务的理由，也不能阻止您依法向公积金管理中心投诉或申请补缴公积金。
再者，虽然协议中可能明确规定了您放弃对公司不缴纳公积金行为的追诉权，但这并不改变公司必须为您缴存公积金的法定义务。您的放弃追诉权可能在一定程度上影响了您在法律上的某些权利行使方式，但并不影响您要求公司履行法定义务的权利。
最后，针对此类问题，我建议您：
仔细审查协议条款：特别是关于放弃权利或限制追诉权的部分，确保自己充分了解协议内容。
咨询专业律师意见：如有任何疑问或不确定的地方，及时寻求专业律师的帮助，以确保您的合法权益得到充分保护。
向公积金管理中心咨询：了解您的具体情况和权益，以及可能的解决方案。公积金管理中心是负责管理和监督住房公积金缴存的机构，他们能够提供专业的指导和帮助。
综上所述，尽管您与公司签订了相关协议，但您仍然有权要求公司补缴应缴未缴的公积金。在面对此类问题时，请务必保持冷静，充分了解相关法律法规，并寻求专业法律意见以维护自己的合法权益。