结论：赔偿协议金额中若已明确包含公积金，原则上不能再通过诉讼追缴；但若存在协议无效、未实际履行或公积金缴纳存在法定例外情形，仍可能通过法律途径主张权利。以下分情况具体说明：
1. 协议明确约定“赔偿金额包含公积金”且已履行
- 法律效果：若双方在赔偿协议中明确约定“赔偿金额已包含应缴纳的公积金”，且协议内容不违反法律强制性规定（如未低于法定最低标准），则该约定具有法律效力。
- 操作限制：此时，用人单位已通过赔偿金形式履行了公积金缴纳义务，劳动者再以“未缴纳公积金”为由起诉追缴，法院通常不予支持。
- 例外情形：若协议存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，劳动者可依据《民法典》第147-151条主张撤销协议，并重新要求缴纳公积金。
2. 协议未明确约定公积金，或约定违法
- 未约定公积金：若赔偿协议仅约定“一次性赔偿XX元”，未明确是否包含公积金，且用人单位未实际缴纳公积金的，劳动者可依据《住房公积金管理条例》第20条，要求用人单位补缴公积金。
- 约定违法：若协议约定“放弃公积金”或“以赔偿金替代公积金”，因违反《住房公积金管理条例》第3条（公积金为强制缴纳义务），该条款无效，劳动者仍有权要求补缴。
3. 公积金缴纳的法定例外情形
- 例外情况：根据《住房公积金管理条例》，以下情形可能影响追缴：
- 劳动者与用人单位协商一致，以现金形式补发公积金差额（需留存书面证据）；
- 劳动者已通过其他途径（如社保部门投诉）主张权利，且问题已解决；
- 用人单位已进入破产清算程序，公积金债权可能按比例受偿。
- 操作建议：若存在例外情形，需结合具体证据（如协商记录、清算公告等）判断是否仍可追缴。
4. 诉讼时效与程序
- 时效限制：根据《劳动争议调解仲裁法》第27条，劳动者主张公积金的时效为1年（自知道或应当知道权利被侵害之日起计算）。但若用人单位未建立公积金账户，时效可能从劳动关系终止之日起计算。
- 程序要求：公积金追缴需先向当地住房公积金管理中心投诉，由管理中心责令用人单位限期缴纳；逾期不缴的，可申请法院强制执行。直接起诉用人单位要求补缴公积金的，法院可能不予受理。
总结建议
- 核查协议内容：确认赔偿协议是否明确约定公积金包含与否，以及是否存在违法条款；
- 收集证据：保留工资条、社保记录、协商记录等，证明公积金未缴纳或约定违法；
- 优先投诉：向住房公积金管理中心投诉，效率更高且无需承担诉讼成本；
- 咨询律师：若涉及复杂情形（如协议撤销、破产清算等），可进一步向我咨询具体操作方案。
如有其他细节需要补充，欢迎随时告知！