结论前置：停薪留职期间，五险一金约定全部由劳动者个人承担，这一约定是否违反法律法规，需分情况讨论。一般情况下，用人单位仍需承担单位应缴部分，个人部分由劳动者承担，若协议约定全部由劳动者承担且未违反法律法规强制性规定，则可能有效，但实践中存在争议；若该约定违反法律法规强制性规定，则无效。以下为详细分析：
一、法律法规对五险一金缴纳责任的规定
单位承担部分：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国社会保险法》，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。这包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。停薪留职期间，虽然工资报酬可能暂时中止，但劳动关系依然存在，因此用人单位仍有义务为劳动者缴纳五险一金的单位应缴部分。
- 同时，根据《住房公积金管理条例》，用人单位也有义务为劳动者缴纳住房公积金，停薪留职期间也不例外。
个人承担部分：
- 个人应承担的五险一金部分，通常由劳动者自行承担。由于停薪留职期间劳动者没有工资收入，因此需要将个人承担部分费用交给用人单位，由用人单位统一缴纳。这包括养老保险、医疗保险的个人缴费部分以及住房公积金的个人缴存部分等。
二、停薪留职协议中关于五险一金缴纳的约定
协议约定的效力：
- 停薪留职协议属于合同范畴，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，双方就应当按照协议约定履行各自义务。
- 如果协议中明确约定了停薪留职期间五险一金的全部费用（包括单位应缴部分和个人应缴部分）均由劳动者承担，且该约定未违反法律法规的强制性规定，那么从合同法的角度来看，该约定可能是有效的。但实践中，这种约定往往因违反法律法规的强制性规定（即用人单位必须承担单位应缴部分）而被认定为无效或部分无效。
实践中的争议：
- 在实际操作中，如果用人单位试图通过停薪留职协议将五险一金的全部费用转嫁给劳动者，可能会面临劳动监察部门的查处或劳动争议仲裁委员会的裁决。因为这种约定可能损害了劳动者的合法权益，违反了法律法规的强制性规定。
三、法律建议
对于劳动者：
- 在签订停薪留职协议时，应仔细阅读协议条款，特别是关于五险一金缴纳的部分。如果发现协议中存在将全部费用转嫁给劳动者的约定，应及时提出异议并协商修改。
- 如果用人单位坚持要求劳动者承担全部费用，劳动者有权拒绝并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 在制定停薪留职协议时，应遵守法律法规的强制性规定，确保用人单位承担单位应缴部分的五险一金费用。
- 如果确实需要劳动者承担部分费用（如个人应缴部分），应在协议中明确约定，并确保该约定不违反法律法规的强制性规定。
总结：停薪留职期间五险一金的缴纳责任主要由用人单位承担单位应缴部分，个人部分由劳动者自行承担。如果停薪留职协议中约定全部由劳动者承担且未违反法律法规强制性规定，则可能有效，但实践中存在争议；若该约定违反法律法规强制性规定，则无效。因此，在签订停薪留职协议时，双方应明确约定五险一金的缴纳事宜，以避免后续产生纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。