针对您提出的“普通员工停薪留职保险自己承担一半是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、停薪留职期间社保缴纳的法律依据
根据《中华人民共和国社会保险法》以及《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，并缴纳社会保险费。这是双方的法定义务，关乎职工、单位和社会三方的利益。
二、停薪留职协议中的社保缴纳约定
停薪留职期间，社保的缴纳方式通常由用人单位与员工在停薪留职协议中明确约定。这种约定应当遵循法律法规的强制性规定，不能违反或变更法定的社保缴纳义务。
三、员工承担一半社保费用的合法性分析
若协议合法且明确：如果停薪留职协议中明确约定了员工承担一半社保费用，且该约定不违反法律法规的强制性规定（即不免除用人单位的法定缴纳义务），那么从协议约定的角度来看，这种安排可能是合法的。但需要注意的是，这种合法性仅限于协议双方之间的约定，并不改变用人单位应承担的法定缴纳义务。
若协议违法或不明确：如果停薪留职协议中未明确约定社保缴纳方式，或者约定违反了法律法规的强制性规定（如用人单位应承担部分社保费用而未承担，反而要求员工全部或部分承担），则这种约定是违法的。在这种情况下，员工有权要求用人单位按照法律规定承担其应缴纳的社保费用。
最高院判例的启示：根据最高院的判例，员工承诺停薪留职期间公司和个人部分应交社保费用自行承担的承诺书，因违反国家关于社会保险的强制性法律规定，应属无效。这意味着，即使员工在协议中作出了此类承诺，也不能免除用人单位的法定缴纳义务。
四、建议与结论
审查停薪留职协议：建议您首先审查与用人单位签订的停薪留职协议，确认其中关于社保缴纳的约定是否合法且明确。
与用人单位协商：如果协议中存在不明确或违法的约定，建议您与用人单位进行协商，要求其按照法律规定承担社保费用。
寻求法律援助：如果协商无果，您可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
结论：普通员工停薪留职期间，如果协议中约定员工承担一半社保费用，且该约定不违反法律法规的强制性规定（即不免除用人单位的法定缴纳义务），则这种安排在协议双方之间可能是合法的。但考虑到最高院的判例以及社保缴纳的法定性，建议您谨慎对待此类约定，并确保自己的合法权益不受侵害。如果协议中存在不明确或违法的约定，您有权要求用人单位按照法律规定承担社保费用。