关于停薪留职协议由个人全部承担是否违法的问题，结论前置如下：
- 若协议内容合法且双方协商一致，个人承担相关费用不直接违法，但需确保不违反法律法规强制性规定；
- 若协议内容违法或未经协商一致，个人承担全部费用则可能构成违法或侵权。
详细分析：
一、合法情形
协商一致且内容合法：
- 停薪留职协议是用人单位与劳动者之间就暂时停止工作、保留劳动关系并可能涉及费用承担等事项达成的书面协议。
- 若双方经过充分协商，自愿达成一致意见，且协议内容不违反法律法规的强制性规定（如社会保险缴纳等），则个人承担相关费用（如社保个人部分）并不直接构成违法。
- 例子：因企业经营困难，与员工协商停薪留职，并约定员工自行承担社保个人部分，同时企业继续为员工缴纳社保单位部分，这样的协议在双方协商一致且内容合法的前提下是有效的。
符合内部规章制度且程序合规：
- 若单位内部有关于停薪留职的合法规章制度，且该制度的制定程序合法（如经过民主程序制定、向劳动者公示等），员工按照规章制度规定的流程申请并获得批准后进行停薪留职，此时个人承担相关费用也不构成违法。
- 注意：即使规章制度有规定，也需确保不违反法律法规的强制性规定，如不得要求员工承担全部社保费用（包括单位应承担部分）。
二、违法情形
未经协商擅自决定：
- 若用人单位未与劳动者协商，单方强制要求劳动者停薪留职并承担全部费用，这侵犯了劳动者的合法权益，属于违法行为。
- 例子：企业未经员工同意，擅自决定停薪留职并要求员工承担全部社保费用，这样的行为是违法的。
违反法律法规强制性规定：
- 在停薪留职期间，若单位停止为员工缴纳社会保险（包括单位应承担部分），这违反了《社会保险法》的强制性规定，即使协议中有约定，该约定也因违法而无效。
- 法律规定：根据《社会保险法》的相关规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。用人单位不得因任何原因停止为员工缴纳社会保险。
损害劳动者权益的不合理安排：
- 若停薪留职期限过长且不合理，或在停薪留职期满后拒绝员工返岗要求，同时要求员工承担全部费用，这样的安排也可能涉嫌违法。
- 例子：企业与员工约定停薪留职期限过长（如数年），且在期满后拒绝员工返岗，同时要求员工承担全部社保费用，这样的行为可能构成违法。
法律建议：
- 对于劳动者：若面临单位要求停薪留职并承担全部费用的情况，应先与单位进行沟通协商，明确协议内容是否合法且双方协商一致。若协商不成或认为单位行为违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
- 对于用人单位：在制定停薪留职协议时，应确保协议内容合法且经过双方协商一致。同时，应遵守法律法规的强制性规定，不得要求员工承担单位应承担的社会保险费用等。
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