您好，关于您提出的“个人原因申请停薪留职是否合法”的问题，我可以为您详细解答。

首先，个人原因申请停薪留职本身并不直接涉及合法性判断，关键在于这一申请是否得到了用人单位的批准，并符合相关法律法规及单位规章制度的规定。

停薪留职的合法性基础

1. 双方协商一致：停薪留职通常需要劳动者本人提出书面申请，并报所在单位批准。这意味着，停薪留职不是单方面的行为，而是需要劳动者和用人单位双方协商一致的结果。

2. 签订停薪留职合同：企业与批准停薪留职的职工应签订停薪留职合同，明确停薪留职的期限、工资和劳保福利待遇的处理、工龄计算等事项。这一合同是双方权利义务的法律依据，也是停薪留职合法性的重要保障。

3. 符合法律法规：停薪留职的实践应符合《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的规定。例如，用人单位不能未经劳动者同意单方面要求其停薪留职，这违反了劳动者享有劳动的权利和获取劳动报酬的权利。

个人原因申请停薪留职的合法性判断

1. 个人提出申请：如果您因个人原因（如创业、深造、家庭原因等）希望停薪留职，首先应向所在单位提出书面申请，说明停薪留职的原因、期限等事项。

2. 单位批准与合同签订：单位在收到您的申请后，会根据自身情况和相关法律法规进行审批。如果单位批准了您的申请，双方应签订停薪留职合同，明确各自的权利义务。

3. 合法性确认：在单位批准并签订停薪留职合同后，您的停薪留职行为就是合法的。在停薪留职期间，您应遵守合同约定和单位规章制度，不得从事与停薪留职相悖的行为。

注意事项

1. 未经批准擅自离职的后果：如果您未经单位批准擅自离职，单位有权按违反劳动纪律处理，甚至可能解除与您的劳动合同。

2. 停薪留职期间的权益保障：在停薪留职期间，您虽然不享受原单位的工资和劳保福利待遇，但您的工龄可以连续计算（如果按规定缴纳了相关费用）。同时，您应关注停薪留职合同中关于社保缴纳、工伤事故处理等事项的约定。

3. 合同期满后的处理：停薪留职合同期满后，您应按时回原单位报到并复职。如果因特殊情况需要继续停薪留职或调动工作等，应提前与原单位协商并办理相关手续。

综上所述，个人原因申请停薪留职在得到单位批准并签订停薪留职合同后是合法的。但在此过程中，您应严格遵守相关法律法规和单位规章制度，确保自己的权益得到保障。如果您在申请停薪留职过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或相关机构。