针对您提出的“入职十二年档案查到学位造假怎么办”的问题，这确实是一个严肃且需要谨慎处理的情况。根据《干部人事档案造假问题处理办法(试行)》的相关规定，我将为您详细解答如下：
首先，需要明确的是，干部人事档案造假，特别是学位造假，是严重违反档案真实性和严肃性的行为，它损害了干部工作的公信力，并可能对个人职业生涯产生重大影响。
一、处理原则
根据办法，对干部人事档案造假问题的处理，坚持实事求是、准确定性，区别情况、恰当处理，以及宽严相济、惩教结合的原则。这意味着，在处理此类问题时，会综合考虑造假的性质、情节、后果以及个人的态度等因素。
二、认定与处理
认定造假行为：
- 学位造假明确属于干部人事档案造假行为之一，即“篡改、伪造学历、学位等材料的”。
对当事人的处理：
- 如果您是直接实施造假或请托他人实施造假的当事人，将面临相应的组织处理。
- 处理情节根据轻重不同，可能包括批评教育、责令书面检查、诫勉处理，甚至停职检查、调离岗位、限制提拔使用，以及引咎辞职、责令辞职、免职、降职等更严厉的措施。
- 如果造假行为涉嫌违纪，将由纪检监察机关依据相关规定处理；涉嫌违法犯罪的，则由司法机关依法处理。
对直接责任人和领导人员的处理：
- 如果涉及直接责任人（如档案材料形成部门、干部工作机构等有关人员）或领导人员（如授意、指使或纵容造假行为的领导），他们也将面临相应的处理。
三、后续措施
纠正不正当利益：
- 通过档案造假获取的不正当利益，经组织审查认定后，将依据有关规定予以纠正、撤销或取消。
选拔任用程序：
- 在干部选拔任用工作中，如果发现涉嫌档案造假的，将一律暂停选任程序，进行调查核实。问题未查清前，不得提拔或重用。
四、建议与行动
主动配合调查：
- 如果您被发现有学位造假的情况，建议主动配合组织的调查，如实说明情况，避免提供虚假信息或拒不配合调查，以免加重处理情节。
反思与改正：
- 深刻反思自己的行为，认识到造假的严重性和后果，积极改正错误，并努力提升自己的真实能力和素质。
寻求法律帮助：
- 如果您认为处理决定存在不当之处，可以依法依规寻求法律帮助，维护自己的合法权益。
总之，档案造假是一个严重的问题，它不仅损害了个人声誉和职业生涯，也破坏了干部工作的公信力和严肃性。因此，我建议您认真对待这一问题，积极配合组织的调查和处理，努力改正错误，并以此为契机提升自己的真实能力和素质。