结论前置：在借款合同中，若存在两个担保公司，而原告仅起诉其中一个公司，被告在特定条件下是可以申请追加另外一个担保公司作为被告的。

详细分析：

1. 法律依据与原则：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人有权在诉讼过程中申请追加其他应当参加诉讼的当事人。这通常发生在原告未起诉所有应承担责任的主体，或者诉讼过程中发现遗漏了必要共同诉讼人的情况下。
   • 在担保法律关系中，如果两个担保公司对同一债务提供担保，且未明确约定各自承担的责任份额，那么它们可能构成连带共同保证。在这种情况下，债权人有权选择起诉其中一个或两个担保公司，而被告（即被起诉的担保公司）在认为有必要的情况下，也可以申请追加另一个担保公司作为共同被告。

2. 申请追加的条件：

   • 必要性：被告需要证明追加另一个担保公司对于查明案件事实、分清责任或实现诉讼经济等目的是必要的。例如，如果另一个担保公司的担保行为与案件结果有直接关联，或者其参与诉讼有助于更全面地解决纠纷。
   • 时效性：被告应在合理的期限内提出追加申请，通常是在答辩期间或法庭辩论终结前。如果逾期提出，可能会面临不被法院采纳的风险。
   • 证据支持：被告应提供足够的证据来支持其追加申请，如担保合同、共同保证协议等，以证明另一个担保公司与案件有关联且应承担责任。

3. 实际操作与建议：

   • 准备材料：被告在申请追加另一个担保公司时，应准备充分的证据材料，包括但不限于担保合同、共同保证协议、债务凭证等，以证明另一个担保公司的法律责任和追加的必要性。
   • 提交申请：被告应按照法院的要求，提交书面追加申请，并附上相关证据材料。申请中应明确说明追加的理由、依据和目的。
   • 参与诉讼：如果法院批准了追加申请，被告应积极参与诉讼过程，与另一个担保公司共同应对原告的诉讼请求，维护自身合法权益。

4. 可能的风险与后果：

   • 法院不批准：如果法院认为追加申请不符合法律规定或诉讼需要，可能会不批准追加。此时，被告需要单独应对原告的诉讼请求。
   • 责任分担：如果另一个担保公司被追加为被告，且法院认定其应承担责任，那么被告和另一个担保公司可能需要根据法院判决分担责任。这可能涉及责任比例的划分、赔偿金额的确定等问题。

总结与建议：在借款合同中，若存在两个担保公司且原告仅起诉其中一个时，被告在符合一定条件下是可以申请追加另一个担保公司作为被告的。为了确保申请的成功率和诉讼的顺利进行，被告应准备充分的证据材料、按照法院要求提交书面申请，并积极参与诉讼过程。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。