结论：公司多发了工资，一般不可以在员工不知情的情况下直接扣除。
分析说明：
工资支付与扣除的合法性原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按时足额支付。若用人单位发现多发了工资，想要进行扣除，必须遵循合法、公正、透明的原则，不能单方面、在员工不知情的情况下进行扣除。
扣除工资的合法程序：
- 如果公司确实多发了工资，并希望员工返还，应当首先与员工进行沟通，说明情况，并协商解决方案。这通常包括员工同意返还多发的部分，或者通过工资扣除的方式逐步返还。
- 在任何情况下，公司都不能未经员工同意，直接在其工资中扣除多发的部分。这种行为可能构成对员工财产权的侵犯，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律救济。
员工权益保护：
- 员工有权了解自己的工资构成和支付情况。如果公司未经员工同意就扣除工资，员工可以要求公司提供详细的工资单和扣除依据。
- 如果员工认为公司的扣除行为不合法或不合理，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的权益。
特殊场景：
- 员工同意扣除：如果员工在了解情况后同意公司扣除多发的工资，那么公司可以在双方协商一致的基础上进行扣除。但这种情况下，公司仍然需要确保扣除的金额和方式符合相关法律法规的规定。
- 公司错误导致的多发：如果是因为公司的财务错误或系统故障导致多发工资，公司应当承担相应的责任，并与员工协商解决方案。在这种情况下，公司更不能单方面、在员工不知情的情况下进行扣除。
行动建议：
- 公司方面：如果发现多发了工资，应当及时与员工沟通，说明情况，并协商解决方案。确保扣除工资的行为合法、公正、透明，避免侵犯员工的权益。
- 员工方面：如果发现自己的工资被无故扣除或多发后被扣除，应当及时与公司沟通了解情况。如果认为公司的行为不合法或不合理，可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律救济。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 《工资支付暂行规定》第十五条：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：……（此处列举的情况均不包括因公司错误多发工资而扣除的情况）……”
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