在员工不知情的情况下扣工资，一般是不合法的。下面我从几个角度为你详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动法》以及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资的扣除应当基于合法、合理且事先告知劳动者的原因。如果用人单位在员工不知情的情况下擅自扣除工资，这违反了工资支付的透明度和公平性原则，也侵犯了劳动者的合法权益。

具体来说，如果用人单位想要扣除员工的工资，通常需要满足以下条件：

1. 合法性：扣除工资的原因必须符合法律法规的规定，如因员工违反公司规章制度、造成经济损失等。
2. 合理性：扣除的工资数额应当合理，不能超过员工当月工资的一定比例（具体比例根据地方规定可能有所不同），且扣除后员工的工资不得低于当地最低工资标准。
3. 事先告知：用人单位在扣除工资前，应当事先告知员工扣除的原因、数额和依据，并听取员工的陈述和申辩。

实际操作角度

在实际操作中，如果用人单位未经员工同意擅自扣除工资，员工可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 与用人单位协商：首先，员工可以尝试与用人单位进行沟通，了解扣除工资的具体原因，并要求用人单位提供相关的证据和依据。如果用人单位无法提供合理的解释和证据，员工可以要求用人单位立即停止扣除工资，并补发被扣除的工资。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门将会对用人单位的违法行为进行调查，并要求用人单位限期改正。如果用人单位拒不改正，劳动监察部门将会依法对其进行处罚。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果员工的权益受到严重侵害，且无法通过协商和投诉解决，员工还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼。通过法律途径来维护自己的合法权益。

特殊情况说明

当然，也存在一些特殊情况，如员工因严重违反公司规章制度或造成重大经济损失等，用人单位可能需要在事先告知员工并听取其陈述和申辩后，按照相关规定扣除工资。但即使在这种情况下，用人单位也必须确保扣除工资的合法性和合理性，并保留好相关的证据和依据。

总结与建议：在员工不知情的情况下扣工资是不合法的。如果员工遇到这种情况，应当及时与用人单位沟通协商，并保留好相关的证据和依据。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。如果你还有其他关于劳动工伤或工资福利方面的问题，可以直接向我咨询。