结论前置：公司扣绩效工资是否合法，主要取决于绩效考核制度的合法性、明确性，扣除比例的合理性，以及扣除后工资是否低于最低工资标准等多个因素。在员工不知情的情况下扣绩效工资，通常是不合法的。
合法情况分析
绩效考核制度合法且明确：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了绩效工资的考核标准、发放方式及扣减情形，并且这些规定经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），同时已向员工公示或告知，那么公司在员工绩效不达标时扣减绩效工资通常是合法的。但在此情况下，员工应当是知情的。
- 考核指标应具体、清晰，考核程序应公正、合理，避免主观随意性大或模糊不清的指标。
经济损失赔偿合法：
- 当员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司可按照劳动合同约定要求其赔偿。但赔偿的扣除需符合《工资支付暂行规定》，即每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。这种情况下的扣减，也应当是基于明确的合同约定或法律规定，并且员工应当知情。
不合法情况分析
绩效考核制度不合法或不明确：
- 如果绩效考核制度本身不合法，未经过民主程序制定，或考核标准模糊不清、随意变更，或未提前向员工公示告知，那么以绩效考核为由扣除工资是违法的。在员工不知情的情况下扣绩效工资，显然违反了公示告知的义务，因此是不合法的。
无正当理由随意扣减：
- 公司无正当理由随意扣减员工的绩效工资，或以绩效之名行克扣工资之实（如为惩罚员工、强迫离职等恶意扣减），均属违法行为。在员工不知情的情况下进行扣减，更是缺乏合法依据。
扣除后工资低于最低工资标准：
- 即使绩效考核制度合法，但如果扣除绩效工资后员工的实际工资低于当地最低工资标准，这种扣除也是违法的。最低工资标准是保障员工基本生活的法定底线，公司不得违反。
员工权益维护途径
与用人单位协商解决：
- 员工首先应与用人单位沟通协商，了解扣减绩效工资的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。如果公司无法提供合法合理的解释，员工有权拒绝扣减。
向劳动行政部门投诉：
- 若协商无果，员工可向当地劳动行政部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。劳动行政部门有权对公司的违法行为进行调查和处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如问题仍无法解决，员工可向劳动仲裁机构申请仲裁，或在必要时向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自身合法权益。
总结与建议：在员工不知情的情况下扣绩效工资，通常是不合法的。员工在遇到此类问题时，应充分了解自己的权益和维权途径，并在必要时寻求法律帮助以确保自身权益不受侵害。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。