结论：劳动合同中关于违反规定或不能胜任工作的条款，其合法性和有效性取决于具体内容是否符合法律法规的规定，以及是否遵循了法定程序。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法性分析
违反规定的条款：
- 合法情形：如果劳动合同中规定的“违反规定”是指违反法律法规、公司规章制度或职业道德等，且这些规定本身合法、合理，不侵犯劳动者合法权益，那么这样的条款在法律上是有效的。例如，规定员工不得泄露公司商业秘密，这是合法的保密条款。
- 非法情形：如果劳动合同中规定的“违反规定”涉及侵犯劳动者基本权利、违反法律法规强制性规定或显失公平的内容，如要求员工承担不合理的赔偿责任、限制员工结婚生育等，则这些条款是无效的。
不能胜任工作的条款：
- 合法情形：根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。因此，劳动合同中可以约定关于不能胜任工作的相关条款，但必须明确不能胜任工作的标准、培训或调整岗位的程序以及解除劳动合同的条件等。
- 非法情形：如果劳动合同中关于不能胜任工作的条款过于模糊、缺乏具体标准，或者未遵循法定程序（如未进行培训或调整岗位就直接解除劳动合同），则这些条款可能被视为无效。
二、有效性分析
条款内容明确性：
- 劳动合同中的条款应当明确、具体，避免使用模糊、歧义的语言。对于违反规定或不能胜任工作的条款，应当明确规定具体的行为标准、后果以及处理程序等，以便双方能够清晰理解并遵守。
双方协商一致：
- 劳动合同是双方协商一致的结果，任何条款的订立都应当基于双方的自愿和协商。如果劳动者在签订劳动合同时对某些条款存在异议或不了解，用人单位应当进行充分解释和说明，确保劳动者在充分理解的基础上签订劳动合同。
遵循法定程序：
- 对于涉及解除劳动合同的条款，用人单位必须遵循法定程序。例如，在劳动者不能胜任工作的情况下，用人单位应当先进行培训或调整岗位，如果仍不能胜任工作，才能按照法定程序解除劳动合同。如果未遵循法定程序，即使劳动合同中有相关条款，也可能被视为无效。
三、法律建议
审查劳动合同条款：
- 劳动者在签订劳动合同时，应当仔细审查合同条款，特别是关于违反规定或不能胜任工作的条款。如果发现条款存在模糊、歧义或侵犯自身权益的情况，应当及时提出异议并要求修改。
保留相关证据：
- 在工作过程中，劳动者应当保留与工作表现、培训记录、调整岗位通知等相关的证据。这些证据在发生劳动争议时可能起到关键作用。
寻求法律帮助：
- 如果劳动者对劳动合同中的条款存在疑问或遇到劳动争议，可以及时向我咨询或寻求其他法律帮助。作为专业律师，我将根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
总结：劳动合同中关于违反规定或不能胜任工作的条款，其合法性和有效性取决于具体内容是否符合法律法规的规定以及是否遵循了法定程序。劳动者在签订劳动合同时应当仔细审查合同条款并保留相关证据，遇到问题时及时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。