结论：劳动合同中可以约定某种情况属于严重违反劳动制度，但需满足一定条件，且该约定不得违反法律法规的强制性规定。
详细分析：
合法性基础：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者在订立劳动合同时，可以约定劳动者应当遵守的劳动纪律和规章制度。这些规章制度中，自然可以包括对严重违反劳动制度行为的界定。因此，从法律层面讲，劳动合同中约定某种情况属于严重违反劳动制度是合法的。
约定条件：
- 合理性：约定的严重违反劳动制度的情况必须合理，不能过于苛刻或显失公平。例如，不能将一些轻微的违纪行为也界定为严重违反劳动制度。
- 明确性：约定的内容必须明确具体，以便劳动者能够清楚了解哪些行为是严重违反劳动制度的，从而避免不必要的争议。
- 合法性：约定的内容不得违反法律法规的强制性规定，如不得侵犯劳动者的合法权益，不得违反公序良俗等。
法律后果：
- 如果劳动者确实存在严重违反劳动制度的行为，且该行为符合劳动合同中的约定，那么用人单位有权依据劳动合同的约定和法律法规的规定，对劳动者进行相应的处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。
- 但如果用人单位的约定不合理、不明确或违法，那么该约定可能被认定为无效，用人单位在处理劳动者时也可能面临法律风险。
实际操作建议：
- 制定规章制度：用人单位在制定规章制度时，应充分考虑实际情况，确保规章制度的合理性、明确性和合法性。同时，规章制度应经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知。
- 劳动合同约定：在劳动合同中约定严重违反劳动制度的情况时，应尽量与规章制度中的内容保持一致，避免出现矛盾或冲突。
- 处理程序：当劳动者出现严重违反劳动制度的行为时，用人单位应按照规章制度和劳动合同的约定，依法依规进行处理，确保处理程序的合法性和公正性。
举例说明：
假设某用人单位在劳动合同中约定：“劳动者连续旷工超过3天，或一年内累计旷工超过5天的，视为严重违反劳动制度，用人单位有权解除劳动合同。”这一约定在合理、明确且合法的前提下，是有效的。如果劳动者确实存在连续旷工超过3天或一年内累计旷工超过5天的情况，用人单位有权依据该约定解除劳动合同。
进一步思考：
在实际操作中，用人单位在制定规章制度和劳动合同约定时，应充分考虑劳动者的权益和实际情况，避免过于苛刻或显失公平的约定。同时，用人单位也应加强对劳动者的培训和教育，提高劳动者的法律意识和纪律意识，减少因违纪行为而引发的劳动争议。
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