在农村建房合同纠纷案中，被告不同意鉴定工程量的理由可能涉及多个方面，以下是一些常见的理由及对应的法律分析：
合同已有明确约定：
- 理由阐述：被告可能主张双方在合同中已经对工程量、工程价款等核心条款进行了明确约定，因此无需通过鉴定来确定。
- 法律分析：根据《民法典》的相关规定，合同是双方意思自治的体现，一旦合同成立并生效，双方应按照合同约定履行义务。如果合同中确实对工程量有明确约定，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么被告的主张是有一定法律依据的。但需要注意的是，如果合同约定存在模糊不清或存在争议的地方，或者合同被认定为无效、可撤销等情形，那么鉴定工程量可能仍然是必要的。
鉴定费用过高或不合理：
- 理由阐述：被告可能认为鉴定工程量需要支付高额的鉴定费用，且该费用不合理或超出其承受范围。
- 法律分析：鉴定费用确实是一个需要考虑的因素。根据《诉讼费用交纳办法》等相关规定，鉴定费用通常由申请鉴定的一方预交，最终根据鉴定结果由责任方承担。如果被告认为鉴定费用过高或不合理，可以提出异议，并要求法院对鉴定费用的合理性进行审查。但需要注意的是，鉴定费用的合理性并不是决定是否进行鉴定的唯一因素，还需要综合考虑案件的具体情况。
对鉴定机构或鉴定人的不信任：
- 理由阐述：被告可能对选定的鉴定机构或鉴定人的资质、信誉、公正性等方面存在疑虑，因此不同意进行鉴定。
- 法律分析：根据《民事诉讼法》等相关规定，当事人有权申请鉴定，并有权对鉴定机构或鉴定人提出异议。如果被告对鉴定机构或鉴定人存在不信任，可以在法院指定的期限内提出书面异议，并要求法院重新选定鉴定机构或鉴定人。但需要注意的是，被告的异议应当有合理的理由和证据支持，否则可能不会被法院采纳。
认为工程量无需鉴定即可确定：
- 理由阐述：被告可能认为根据现有的证据材料，如施工图纸、施工记录、验收报告等，已经能够确定工程量，无需再进行鉴定。
- 法律分析：如果被告能够提供充分的证据材料证明工程量已经确定，且该证据材料真实、合法、有效，那么法院可能会考虑采纳被告的主张，不再进行鉴定。但需要注意的是，证据材料的充分性和证明力需要由法院进行审查和判断。
担心鉴定结果对自己不利：
- 理由阐述：被告可能担心鉴定结果会对自己不利，如工程量比合同约定多出很多，导致需要支付更多的工程价款等。
- 法律分析：虽然被告的这种担忧是可以理解的，但并不能作为拒绝鉴定的合法理由。在诉讼过程中，双方应当遵循诚实信用原则，如实提供证据材料，并接受法院的调查和审判。如果被告拒绝鉴定且没有合理的理由，法院可能会根据现有证据材料进行裁判，这可能对被告不利。
针对以上情况，我给出以下建议：
- 如果被告确实认为合同已有明确约定且无需鉴定，应当仔细审查合同条款，并准备相关证据材料以支持自己的主张。
- 如果被告对鉴定费用、鉴定机构或鉴定人存在疑虑，可以在法院指定的期限内提出书面异议，并要求法院进行审查和处理。
- 如果被告认为工程量无需鉴定即可确定，应当积极提供充分的证据材料以证明自己的主张。
- 无论何种情况，被告都应当保持冷静和理性，遵循法律程序和规定，积极配合法院的调查和审判工作。
最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都是不同的，因此被告不同意鉴定工程量的理由也可能因人而异。在处理此类纠纷时，建议被告咨询专业律师以获取更具体、更专业的法律建议。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。