农村建房施工合同纠纷的案由主要围绕合同的有效性、履行情况及违约责任等方面展开。以下从几个关键角度为你详细分析：

一、合同有效性纠纷

1. 资质问题：

   • 根据《中华人民共和国建筑法》及相关司法解释，承包人若未取得建筑业企业资质或超越资质等级签订农村建房施工合同，该合同可能被认定为无效。例如，一个没有建筑资质的施工队与村民签订了建房合同，若发生纠纷，合同的有效性就会受到质疑。
   • 法律依据：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第一条第一款第一项。

2. 合同签订程序：

   • 合同签订过程中若存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，也可能影响合同的有效性。比如，施工方以低价诱骗村民签订合同，随后在施工过程中不断加价，这种行为就可能构成欺诈，导致合同无效或可撤销。

二、合同履行纠纷

1. 工程质量问题：

   • 工程质量是农村建房施工合同纠纷中的常见问题。若房屋存在质量问题，如墙体开裂、屋顶漏水等，村民可能拒绝支付工程款或要求施工方进行修复。此时，纠纷的焦点就在于工程质量的认定及责任归属。
   • 法律依据：《中华人民共和国民法典》第七百九十五条（施工合同内容）、第八百零一条（质量验收义务）、《建设工程质量管理条例》等。

2. 工期延误问题：

   • 工期延误也是常见的纠纷点。施工方可能因各种原因（如天气、材料供应、设计变更等）未能按时完成工程，导致村民产生损失。此时，纠纷的焦点就在于工期延误的原因及责任归属，以及是否应支付违约金或赔偿损失。
   • 法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百七十七条（违约责任）、第五百八十四条（损失赔偿额）等。

3. 工程款支付问题：

   • 工程款支付纠纷通常涉及工程量计算差异、计价方式争议等。比如，施工方可能认为实际完成的工程量比合同约定的多，要求增加工程款；而村民则可能认为施工方未按合同约定完成工程，拒绝支付或减少支付工程款。
   • 法律依据：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十九条（结算文件效力）、第二十条（工程量争议处理）等。

三、违约责任纠纷

1. 违约责任的承担方式：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违约责任的承担方式包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。在农村建房施工合同纠纷中，若施工方存在违约行为，村民可以要求其承担相应的违约责任。
   • 法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百七十七条、第五百八十二条等。

2. 定金与违约金：

   • 若合同中约定了定金或违约金条款，当一方违约时，另一方可以依据合同约定要求支付定金或违约金。但需要注意的是，定金的数额不得超过主合同标的额的百分之二十，超过部分不产生定金的效力。
   • 法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百八十六条、第五百八十五条等。

四、法律建议

1. 签订合同时：

   • 村民在签订农村建房施工合同时，应仔细审查施工方的资质和信誉，确保合同内容合法、明确、具体。同时，可以约定合理的调价机制、工期延误的违约责任等条款，以降低纠纷发生的风险。

2. 履行合同过程中：

   • 双方应严格按照合同约定履行各自的义务，及时沟通、协商解决可能出现的问题。对于工程量增减、设计变更等事项，应及时签订补充协议并留存相关证据。

3. 发生纠纷时：

   • 双方应首先尝试通过协商、调解等方式解决纠纷。若协商、调解无果，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，应提供充分的证据支持自己的主张。

综上所述，农村建房施工合同纠纷的案由涉及合同的有效性、履行情况及违约责任等多个方面。在处理此类纠纷时，应综合考虑相关法律法规和合同约定，确保纠纷的妥善解决。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。