核心结论：企业实行综合工时制，员工周末双休日未休息且离职时，补偿计算需分情况讨论，具体如下：

1. 综合工时制下加班的认定与补偿规则
   根据《劳动法》第三十九条及《工资支付暂行规定》第十三条，综合工时制以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，其核心规则为：
   

• 周期内总工时未超标：若员工在周期内（如季度）总工作时间未超过法定标准（如季度标准工时500小时），则双休日未休息不视为加班，企业无需支付加班费，离职时亦无补偿。
  
• 周期内总工时超标：若总工作时间超过法定标准，超出部分视为加班。其中：
  
  • 工作日延长工时：按不低于工资的150%支付加班费；
    
  • 休息日加班（即双休日未休息）：若周期内休息日加班后未安排补休，按不低于工资的200%支付加班费。
    

离职时的补偿计算：若员工离职时，企业未支付上述周期内超标部分的加班费，员工可主张按实际加班时间补发工资。例如，某季度员工总工时520小时（超标20小时），其中双休日加班10小时未补休，则企业需补发：10小时×200%工资+10小时（剩余超标部分按150%计算，若属工作日延长）。

1. 未依法审批综合工时制的法律后果
   若企业未按规定向劳动保障部门申请综合工时制审批，或审批已过期仍继续实行，则双休日未休息的行为直接适用标准工时制规则：
   

• 双休日加班：无论周期内总工时是否超标，均按不低于工资的200%支付加班费；
  
• 离职补偿：员工可主张所有双休日未休息的天数均按200%标准补发工资，且不受周期限制。
  

实务建议：

• 员工应保留考勤记录、工资条等证据，证明双休日未休息的事实及企业未支付加班费的情况；
  
• 企业需确保综合工时制审批合法有效，并建立完善的工时统计与加班费核算制度，避免纠纷。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询综合工时制或劳动争议相关问题。