当员工在综合计算工时制度的岗位上离职，且上年度存在未休的年假时，其处理方式需严格遵循相关法律法规，并结合企业的具体政策来执行。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》、《职工带薪年休假条例》以及《企业职工带薪年休假实施办法》的相关规定，劳动者享有带薪年休假的权利。若用人单位因工作需要不能安排职工休满应休年休假天数，或者职工离职时当年度未休完年假，用人单位需按照职工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，这其中包括了职工正常工作期间的工资收入。
二、年假折算方法
对于离职员工，其当年应休未休年休假天数需按照工作时间进行折算。具体折算公式为：
（当年度在本单位已过日历天数÷365天）×职工本人全年应当享受的年休假天数 - 当年度已安排年休假天数
折算后不足1整天的部分，不支付未休年休假工资报酬。
举例说明：
假设某员工全年应享受5天年休假，2024年6月30日离职，且离职前未休过年休假。2024年已过日历天数为181天（从1月1日至6月30日）。则：
应休未休年休假天数 = （181÷365）×5 - 0 ≈ 2.48天
由于折算后不足1整天的部分不支付工资报酬，所以该员工应休未休的年休假天数为2天。
三、工资报酬支付标准
用人单位应按照该职工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬。这其中包括了职工正常工作期间的工资收入，即除了职工原本的工资外，用人单位还需额外支付相当于日工资200%的补偿。
日工资标准计算：
日工资标准 = 员工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资 ÷ 月计薪天数（21.75天）
四、特殊情况处理
新进员工：如果员工是年中入职的，其当年度年休假天数应按照在本单位剩余日历天数折算确定，折算方法同上，折算后不足1整天的部分不享受年休假。
离职员工：对于离职员工，无论其是否主动提出休假申请，用人单位都有责任按照上述方法计算并支付其未休年休假的工资报酬。
五、争议解决途径
若员工与单位就年休假折算及工资支付问题产生争议，可以通过以下途径来维护自己的合法权益：
与单位协商：首先尝试与单位进行沟通，寻求双方都能接受的解决方案。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
申请劳动仲裁：若投诉仍未能解决问题，员工可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。
综上所述，离职时年假的折算及工资支付问题是一个涉及员工切身利益的重要问题。员工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的措施来维护这些权益。同时，企业也应制定明确的年休假管理制度，确保员工的年假权益得到充分保障。