综合工时制下“上2休1”的休假计算，需结合工时周期、加班认定及休息日性质综合判断，具体分析如下：

1. 综合工时制的周期性工时计算规则

综合工时制以周、月、季、年为周期，计算总工时是否超过法定标准（如月标准工时为167小时，即20.83天×8小时）。

• 若周期内总工时未超标：例如某月工作20天（每天8小时，共160小时），未超过167小时，则“上2休1”中的休息日属于正常轮休，无需支付加班费。
  
• 若周期内总工时超标：例如某月工作22天（共176小时），超出9小时，超出部分需按150%支付加班费（如9小时×1.5倍工资）。

2. “上2休1”中休息日的性质认定

• 若休息日属于周期内轮休：例如每周工作6天（上2天×3周=6天），休息1天，且周期内总工时未超标，则休息日不视为加班。
  
• 若休息日被强制占用：例如企业要求员工在周期内本应休息的日子工作，导致总工时超标，则超出部分需按加班处理。
  
• 法定节假日安排工作：无论周期内工时是否超标，法定节假日工作的均需按300%支付加班费（如中秋、国庆等）。

3. 实务操作中的关键点

• 企业需申报周期：综合工时制需经劳动行政部门批准，明确周期（如季度制），否则可能被认定为标准工时制。
  
• 工时记录要完整：企业需保留考勤、排班表等证据，避免因记录缺失导致加班费争议。
  
• 员工有权核对工时：若发现周期内总工时超标但未获加班费，可要求企业补发或向劳动监察部门投诉。

总结建议：

1. 核对企业是否已获批综合工时制及周期；
   
2. 计算周期内实际总工时，对比法定标准；
   
3. 区分正常轮休与强制占用休息日的情况；
   
4. 保留考勤证据，必要时通过法律途径维权。
   

如有具体排班表或工资条，可进一步分析是否存在克扣加班费的情况。