结论：员工同意离职后，小餐馆倒闭注销是否合法，需分情况讨论，主要取决于小餐馆的注销程序是否合法合规，以及员工离职与餐馆注销之间的法律关系。

1. 餐馆注销程序的合法性

• 合法注销：如果小餐馆在注销前，已经按照相关法律法规的规定，完成了清算、通知债权人、公告等程序，且没有逃避债务或损害员工等利益相关者的合法权益，那么其注销行为是合法的。在这种情况下，员工同意离职与餐馆的合法注销之间不存在直接的冲突。
• 非法注销：如果小餐馆在注销过程中，存在未依法清算、未通知债权人、未公告或存在其他违法行为，如逃避债务、损害员工权益等，那么其注销行为可能是非法的。在这种情况下，员工有权依法维护自己的合法权益，如要求餐馆支付未结清的工资、经济补偿金等。

2. 员工离职与餐馆注销的法律关系

• 员工主动离职：如果员工是主动提出离职，并且已经与餐馆办理了离职手续，那么员工与餐馆之间的劳动关系已经终止。此时，餐馆的注销行为（无论是否合法）通常不会直接影响员工的离职权益。但员工仍需关注餐馆是否已结清其工资、经济补偿金等费用。
• 餐馆因经营不善而注销，且员工同意离职：在这种情况下，员工同意离职可能是基于餐馆的经营状况和双方的协商。如果餐馆在注销前已经与员工就离职事宜达成一致，并结清了相关费用，那么餐馆的注销行为是合法的，且不会损害员工的合法权益。然而，如果餐馆在注销前未与员工就离职事宜进行充分协商，或未结清相关费用，那么员工有权依法维权。

3. 可能的法律后果与建议

• 法律后果：如果餐馆非法注销且损害了员工的合法权益，员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求餐馆支付未结清的工资、经济补偿金等费用。如果仲裁裁决支持员工的请求，但餐馆仍不履行义务，员工可以向人民法院申请强制执行。
• 建议：对于员工而言，在同意离职前，应尽可能了解餐馆的经营状况和财务状况，确保自己的离职权益不受损害。同时，员工应保留好与餐馆签订的劳动合同、工资条、离职证明等相关证据，以便在必要时依法维权。对于餐馆而言，在注销前应依法进行清算和通知债权人等程序，确保注销行为的合法性，并妥善处理与员工的离职事宜，避免引发不必要的法律纠纷。

如有更多关于劳动纠纷的问题，可以直接向我咨询。