结论：该补充协议条款在法律上具有一定的效力，但具体是否完全合法有效，需结合实际情况判断。若该条款不违反法律法规的强制性规定，且双方自愿签订，则一般有效；若存在违法情形或显失公平，则可能被认定无效或可撤销。

详细分析：

1. 协议效力的一般原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，劳动合同及其补充协议应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。若补充协议中的条款不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意思的表示，那么该条款通常具有法律效力。

2. 关于补充协议中“两年内通过医师考试，否则取消聘用”的条款：

   • 合法性：此条款本身并不直接违反法律法规的强制性规定。它设定了一个明确的条件（两年内通过医师考试）和相应的后果（取消聘用），这种设定在法律上并不被禁止。
   • 合理性：然而，条款的合理性可能受到质疑。如果这一要求对于员工来说过于苛刻，或者与员工的工作岗位、职责无直接关联，那么该条款可能被视为显失公平。在这种情况下，员工有权请求法院或仲裁机构认定该条款无效或可撤销。
   • 执行性：即使条款合法且合理，其执行也需考虑实际情况。例如，如果员工因不可抗力（如疾病、家庭变故等）无法参加考试或未能通过考试，那么简单地取消聘用可能显得过于严苛。在这种情况下，双方可以协商修改或补充协议，以更合理地解决问题。

3. 可能存在的法律风险：

   • 无效条款：如果补充协议中的条款违反了法律法规的强制性规定，或者被认定为显失公平，那么该条款可能被法院或仲裁机构认定为无效。
   • 劳动争议：若因该条款引发劳动争议，员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

4. 建议：

   • 对于员工：在签订补充协议前，应仔细阅读并理解条款内容，确保自己能够接受并履行相关义务。如有疑问或担忧，应及时与用人单位沟通并寻求法律意见。
   • 对于用人单位：在制定补充协议时，应确保条款合法、合理且可执行。避免设定过于苛刻或显失公平的条件，以减少劳动争议的风险。

后续行动建议：

• 若您作为员工，对补充协议中的条款有疑问或担忧，建议直接与用人单位沟通，明确条款的具体含义和执行方式。
• 若您认为补充协议中的条款存在违法或显失公平的情形，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
• 若您作为用人单位，在制定或执行补充协议时遇到法律问题，也建议咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。

如有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会结合您的具体情况，给出更详细的法律建议。