行政事业单位工作人员得恶性肿瘤，其工资是否扣除需分情况讨论，具体如下：
继续工作情况
- 若员工患恶性肿瘤后仍能按劳动合同约定继续工作，其工资（包括绩效工资）应与其他劳动者同工同酬，即按照正常的工作表现和业绩考核来发放，不应扣除工资。
请病假情况
- 短期病假（通常为几个月以内）：根据单位内部制定的考勤管理制度执行。有些单位会全额发放工资（包括绩效工资），有些则会按比例扣除部分绩效工资。具体扣除比例和方式需参照单位规定。但单位规定不得违反国家法律法规的强制性规定，如不得低于当地最低工资标准等。
- 长期病假：依据国家关于机关事业单位工作人员病假期间待遇的相关规定执行。病假超过两个月的，从第三个月起按照工作年限等情况适当减发工资性收入（可能包含绩效工资部分）。例如，工作年限不满十年的，发给本人工资的90%；工作年限满十年的，工资照发。病假超过六个月的，工作年限不满十年的，发给本人工资的70%；工作年限满十年及以上的，发给本人工资的80%。不同地区可能在此基础上有进一步细化规定，需结合当地政策执行。
认定为工伤情况
- 若员工的恶性肿瘤被认定为工伤，则在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，但可根据具体情况适当延长。在此期间，员工的工资（包括绩效工资）应按照其正常工作时的标准发放，不应扣除。
法律背景与建议：
- 法律背景：在发放行政事业单位工作人员因恶性肿瘤导致的工资问题时，应严格参照《事业单位人事管理条例》、《工伤保险条例》、《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障。
- 建议：如果员工认为单位在工资发放方面存在不合理或违反法律法规的情况，可以先与单位协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。同时，建议单位与职工及其家属进行充分沟通，并咨询专业法律人士以确保双方的权益得到妥善处理。
特殊情况说明：
- 部分单位可能会考虑到员工患重大疾病的实际情况，制定一些人文关怀政策，如在一定期限内保留其部分或全部工资待遇，以帮助员工及其家庭减轻经济负担。这些政策通常会在单位内部规章制度或劳动合同中明确约定，员工可以查阅相关文件或咨询单位人事部门了解具体情况。
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