结论：在二次职业体检查出噪音危害后，被公司签了协商离职合同，这一行为是否有效或存在法律问题，需根据具体情况分析，包括协商离职合同的签订过程、内容以及是否违反相关法律法规等。

一、协商离职合同的法律效力

1. 自愿性原则：协商离职合同是双方自愿达成的协议，如果双方在签订时均处于自愿、平等、公平的地位，且合同内容不违反法律法规的强制性规定，那么该合同是具有法律效力的。
2. 内容合法性：协商离职合同的内容应当合法，不得包含违反法律法规的条款。例如，合同中不得约定免除公司应承担的法定责任，或者剥夺员工应享有的法定权利等。

二、噪音危害与离职的关系

1. 职业病认定：如果二次职业体检确实查出噪音危害，且该危害符合职业病的认定标准，那么员工有权依法享受职业病待遇，包括医疗、康复、调岗、离职等。在此情况下，如果公司要求员工签订协商离职合同，应当确保合同内容不损害员工的合法权益。
2. 公司责任：如果噪音危害是由于公司的工作环境或工作条件导致的，公司应当承担相应的法律责任。在协商离职时，公司应当考虑员工的实际损失和合理诉求，给予适当的补偿。

三、可能存在的法律问题

1. 欺诈或胁迫：如果公司在签订协商离职合同时存在欺诈、胁迫等行为，导致员工在违背真实意愿的情况下签订合同，那么该合同可能被认定为无效或可撤销。
2. 未履行法定程序：如果协商离职涉及解除劳动合同，公司应当按照《劳动合同法》的规定履行法定程序，如提前通知、支付经济补偿等。如果公司未履行这些程序，可能面临法律责任。

四、建议与措施

1. 审查合同内容：员工在签订协商离职合同前，应当仔细审查合同内容，确保合同条款合法、合理，不损害自己的合法权益。
2. 咨询专业律师：如果员工对协商离职合同存在疑问或担忧，可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律风险。
3. 保留证据：员工在签订协商离职合同前，应当保留好与噪音危害相关的证据，如职业病诊断证明、工作记录等，以便在需要时维护自己的合法权益。

举例说明：假设员工在二次职业体检中查出噪音性耳聋，符合职业病的认定标准。公司要求员工签订协商离职合同，但合同中未提及职业病待遇和补偿问题。在此情况下，员工有权拒绝签订该合同，或者要求公司修改合同内容，确保自己的合法权益得到保障。如果公司坚持要求员工签订不合理的合同，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

最后，如果您在协商离职过程中遇到任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。