结论：底薪4000但合同中写基本工资2000多，这种做法不一定完全合理，具体是否合法合规需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
从合同约定与实际履行一致性的角度
- 若实际发放工资与合同约定不符但高于合同约定：
- 法律背景：根据《劳动合同法》规定，用人单位与劳动者签订的劳动合同应当明确约定工资标准等重要条款。虽然合同中基本工资写2000多，但实际每月发放底薪4000，从实际履行情况看，用人单位并没有按照合同约定的较低工资标准来支付工资。
- 法律建议：这种情况一般对劳动者较为有利，因为劳动者实际获得了更高的收入。不过，为了保障自身权益，劳动者可以要求用人单位对合同中的工资条款进行修改，使合同约定与实际履行情况一致，避免后续可能出现的纠纷。例如，在涉及经济补偿金、赔偿金等计算时，如果合同约定不明确或与实际不符，可能会给劳动者带来不必要的麻烦。
- 可能后果：如果用人单位之后想要降低工资标准，以合同约定为由只支付2000多工资，劳动者可以凭借实际工资发放记录等证据，主张按照实际履行的工资标准来支付，用人单位的降薪行为可能被认定为违法。
- 若实际发放工资与合同约定不符且低于合同约定（虽然你描述的是底薪4000高于合同基本工资，但此处也一并分析全面情况）：
- 法律背景：用人单位必须按照劳动合同的约定，按时足额支付劳动者工资。如果实际发放工资低于合同约定，就违反了这一规定。
- 法律建议：劳动者有权要求用人单位按照合同约定补足工资差额。如果用人单位拒绝，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 可能后果：用人单位可能会面临劳动监察部门的处罚，如责令限期支付劳动报酬、加付赔偿金等。同时，在劳动仲裁或诉讼中，用人单位也很可能败诉，需要承担相应的法律责任。
从工资结构合理性的角度
- 基本工资与绩效工资等组合的情况：
- 法律背景：很多用人单位会采用基本工资 + 绩效工资、奖金等多元化的工资结构。合同中约定的基本工资2000多可能只是工资的一部分，用人单位可能将其他部分以绩效工资、奖金等形式发放。
- 法律建议：劳动者要仔细了解用人单位的工资结构，明确各项工资的发放条件和标准。如果用人单位的工资结构合理，且绩效工资、奖金等的发放有明确的考核标准和依据，那么这种工资结构是合法的。但如果用人单位随意克扣绩效工资、奖金，或者没有合理的考核标准，劳动者可以提出异议。
- 可能后果：如果用人单位的工资结构不合理，随意变动工资组成部分的金额，可能会影响劳动者的积极性，也可能引发劳动纠纷。在劳动仲裁或诉讼中，用人单位需要证明其工资结构的合理性和考核标准的公正性，否则可能承担不利后果。
- 以低基本工资规避法律责任的情况：
- 法律背景：有些用人单位为了降低用工成本，故意将基本工资写得很低，而将其他部分以补贴、津贴等形式发放。这样在计算经济补偿金、赔偿金、加班费等时，可能会按照较低的基本工资标准来计算，从而损害劳动者的利益。
- 法律建议：劳动者要警惕这种不合理的工资结构。如果发现用人单位存在这种情况，可以要求用人单位重新协商工资标准，或者在劳动合同中明确各项工资的性质和计算方式。同时，劳动者要注意保留相关证据，如工资条、考勤记录等，以便在发生纠纷时维护自己的权益。
- 可能后果：如果用人单位以低基本工资规避法律责任，一旦被劳动监察部门发现，可能会面临处罚。在劳动仲裁或诉讼中，法院或仲裁机构可能会根据实际情况，按照劳动者实际获得的工资收入来计算经济补偿金、赔偿金、加班费等，用人单位的如意算盘可能会落空。
总结：底薪4000但合同中基本工资写2000多，这种做法存在一定风险和不合理性。建议你与用人单位沟通，要求修改合同中的工资条款，使其与实际履行情况一致，并明确工资结构和各项工资的发放标准。如果你在处理这个问题过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。