结论：签合同按最低工资签，但实际工资高，在特定条件下是合理的，但也存在潜在风险。以下是对此问题的详细分析：
一、合理性分析
奖金与绩效激励：
- 劳动合同中约定的基本工资可能较低，但公司可能通过绩效奖金、提成等方式提高员工的实际收入。这种方式旨在激励员工提高工作效率和业绩，实现公司与员工的双赢。例如，销售岗位的员工可能基本工资不高，但通过高额的提成可以获得丰厚的总收入。
福利补贴：
- 公司可能提供交通补贴、餐补、住房补贴等福利，这些福利虽然不计入基本工资，但会增加员工的实际收入。这些福利有助于提升员工的工作满意度和生活质量，也是吸引和留住人才的重要手段。
行业特性与薪酬结构：
- 在某些行业，如销售、互联网等，基本工资可能相对较低，但奖金、期权等激励措施较为丰厚。这种薪酬结构符合行业特点，能够激发员工的积极性和创造力。
试用期或特殊约定：
- 在试用期内，公司可能会与员工约定较低的基本工资，待试用期结束后根据表现调整薪资。此外，双方还可能就特定项目或任务达成额外的薪酬协议。
二、潜在风险与注意事项
税务合规性：
- 如果实际发放的工资高于劳动合同约定的金额，且未依法申报纳税，可能构成偷税漏税行为，面临法律处罚。因此，公司应确保薪酬发放的合规性，及时为员工申报并缴纳个人所得税。
社保公积金基数问题：
- 社保和公积金的缴费基数通常基于劳动合同约定的工资标准。如果实际工资高于合同约定，但未相应调整缴费基数，可能导致员工在享受社保待遇时受到损失。为避免此类问题，公司应根据实际情况及时调整员工的社保和公积金缴费基数。
劳动争议风险：
- 如果劳动合同与实际薪酬发放存在较大差异，且未得到员工的明确同意或确认，可能引发劳动争议。为降低争议风险，公司应与员工就薪酬问题进行充分沟通，并在必要时签订补充协议或进行书面确认。
诚信原则与信任关系：
- 劳动合同是双方建立劳动关系的基础，应遵循诚信原则。如果公司频繁变更薪酬约定或隐瞒实际薪酬情况，可能损害员工的信任感，影响公司的声誉和团队稳定性。
三、法律建议
明确薪酬结构：
- 在签订劳动合同时，双方应明确薪酬结构，包括基本工资、奖金、提成、福利等各项收入，并确保这些收入符合法律法规的要求。
及时调整合同：
- 如果实际薪酬与劳动合同约定存在差异，且这种差异是长期且稳定的，双方应及时调整劳动合同，以反映实际的薪酬情况。
保留证据：
- 员工应保留好所有关于实际工资水平的证据，如工资条、银行流水等，以便在发生劳动争议时能够有效地维护自己的合法权益。
咨询专业律师：
- 在处理复杂的薪酬问题时，建议双方咨询专业律师，以确保合同的合法性和合规性，并降低潜在的法律风险。
总结：签合同按最低工资签，但实际工资高，在特定条件下是合理的，但双方应确保这种差异基于合法的额外劳动报酬和企业合理的薪酬管理策略，并遵守相关法律法规的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。