结论前置：劳动合同中约定按最低工资支付工资，在一般情况下可能不合法，因为它可能无法充分保障劳动者的合法权益。然而，在特定条件下，如双方协商一致、劳动者处于试用期或特殊行业岗位等，且确保实际收入不低于最低工资标准，这种约定可以是合法的。但无论如何，用人单位都应谨慎对待，以避免后续的法律风险和纠纷。
合法性分析
一般情况：
- 最低工资标准是法律规定的下限，旨在保障劳动者基本生活。根据《劳动法》第四十八条，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。劳动合同约定的工资若仅按最低工资标准，可能导致劳动者实际劳动所得低于其应得报酬，侵害其合法权益。在劳动纠纷中，这种约定可能会被认定为无效，劳动者有权要求按法律规定支付劳动报酬，并可能获得经济补偿。
特殊情况：
- 试用期：根据《劳动合同法》规定，试用期的工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或劳动合同约定工资的80%，且不得低于用人单位所在地的最低工资标准。因此，在试用期，可以按最低工资标准签订劳动合同，但转正后应按约定工资发放。
- 特殊行业岗位：对于以提成、奖金等作为主要收入构成部分的岗位，如销售、业务等，基本工资部分可按最低工资标准约定，但同时需明确提成、奖金等的计算方式和支付条件，确保劳动者正常工作时间的实际收入不低于最低工资标准。
实际操作问题与建议
加班工资计算：
- 若劳动合同仅约定按最低工资标准支付工资，将影响加班工资的计算基数。加班工资通常基于劳动合同约定的工资作为计算基数。因此，若约定工资为最低工资标准，加班工资也会相应较低，可能损害劳动者利益。建议明确加班工资的计算方法和基数，避免争议。例如，若劳动者月工资为最低工资标准，且存在加班情况，则加班工资的计算应基于该最低工资标准，但需确保最终加班工资不低于法定标准。
工资调整机制：
- 合同应包含工资调整机制，以应对劳动者能力提升、业绩增长或市场工资水平变化。缺乏明确的调整机制可能导致劳动纠纷。建议用人单位根据劳动者的工作表现和市场情况，定期评估并调整工资，确保劳动者的收入水平与其贡献和市场水平相匹配。
劳动报酬合理性：
- 即使工资高于最低工资标准，但如果与劳动者的工作岗位、工作强度、技能要求及同行业、同地区工资水平相比明显过低，可能被认定为显失公平。建议用人单位合理确定劳动报酬，体现劳动者的劳动价值和工作贡献，避免引发劳动纠纷。
明确工资构成：
- 劳动合同中应详细列明工资的构成，包括基本工资、绩效工资、奖金、津贴等，以及支付方式、支付时间等相关条款。这有助于避免后续的工资纠纷和误解，确保劳动者的权益得到充分保障。
遵守法律法规：
- 用人单位应严格遵守当地的法律法规，特别是关于最低工资标准的规定。不同地区对最低工资标准的要求可能有所不同，用人单位应确保劳动合同的合法性和有效性，避免因违反法律法规而引发的法律风险和纠纷。
总结与建议：劳动合同中约定按最低工资支付工资需谨慎处理。用人单位应充分考虑劳动者的合法权益和实际工作情况，合理确定劳动报酬，并确保劳动合同的合法性和有效性。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在签订劳动合同前仔细阅读合同条款，并咨询专业人士（如我，储英芳律师）的意见，以确保自己的权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。