关于您提出的“公司有工伤保险是否会配合我们申请劳动能力鉴定”的问题，这并非一个绝对的情况，而是会受到多种因素的影响。以下是我为您详细梳理的解答：

一、公司可能配合申请劳动能力鉴定的情况

1. 公司有完善的工伤保险制度和流程：

   • 若公司具备健全的工伤保险体系和明确的操作流程，那么在员工发生工伤后，公司通常会积极协助员工办理工伤认定和劳动能力鉴定手续。这包括收集必要的医疗诊断证明、事故报告等材料，并代为提交给当地的社会保险行政部门。

2. 工伤性质明确且严重：

   • 当员工的工伤性质明确无误（例如在工作时间内因工作原因受伤），且伤情较为严重时，公司往往会出于人道主义关怀和法律责任考虑，主动协助员工进行劳动能力鉴定。

3. 公司与员工关系良好：

   • 在和谐的劳动关系背景下，公司可能会更加积极地帮助员工解决工伤问题，包括但不限于协助申请劳动能力鉴定。

二、公司可能不配合申请劳动能力鉴定的情况

1. 公司对工伤认定存在异议：

   • 如果公司认为员工的伤情不属于工伤范畴，或者对工伤的成因存在争议，那么公司可能会拒绝协助员工申请劳动能力鉴定。

2. 公司担心影响自身声誉或利益：

   • 在某些特殊情况下，公司可能担心工伤事件会对其声誉或经济利益造成不利影响，因此选择不主动协助员工进行劳动能力鉴定。

3. 公司缺乏相关知识和经验：

   • 对于一些小型企业或初创企业而言，它们可能缺乏处理工伤事件的经验和知识，不知道如何协助员工申请劳动能力鉴定。

三、员工自行申请劳动能力鉴定的途径

若公司未主动协助您申请劳动能力鉴定，您完全有权自行向当地的社会保险行政部门提出工伤认定申请。根据《工伤保险条例》的相关规定，您应在发生事故伤害或被诊断、鉴定为职业病之日起一年内，直接向用人单位所在地统筹地区的社会保险行政部门提出申请。

综上所述，公司是否会配合您申请劳动能力鉴定取决于多种因素。若公司未给予积极协助，您仍可通过合法途径自行申请。希望这些信息能对您有所帮助。如有任何进一步的问题或疑虑，请随时向我咨询。