在行政诉讼中，确实可以提出撤销工伤认定的申请，且撤销权纠纷存在时效限制。以下是对这一问题的详细解答：
一、行政诉讼中提出撤销工伤认定申请的法律依据
根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。工伤认定作为行政机关的一种具体行政行为，如果当事人认为该认定存在错误或不当，完全有权在行政诉讼中提出撤销该认定的申请。
二、撤销权纠纷的时效限制
一般时效规定：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条：“公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。”这意味着，如果当事人对工伤认定不服，并希望在行政诉讼中提出撤销申请，通常需要在知道或应当知道该认定之日起六个月内提起诉讼。
特殊时效规定：
- 对于因不动产提起诉讼的案件，自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院将不予受理。不过，这一规定主要针对的是行政行为作出后长时间未提起诉讼的情况，对于工伤认定这类具体行政行为，通常不会涉及如此长的时效期间。
工伤认定后的复议与诉讼衔接：
- 如果当事人先申请了行政复议，对复议决定不服再提起行政诉讼的，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十五条：“公民、法人或者其他组织不服复议决定的，可以在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。复议机关逾期不作决定的，申请人可以在复议期满之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法律另有规定的除外。”这意味着，在复议与诉讼衔接的情况下，时效期间会有所不同。
三、实际操作建议
及时咨询与准备：
- 如果当事人对工伤认定不服，并希望提出撤销申请，建议尽快咨询专业律师，了解具体的法律程序和时效要求，以便及时准备相关证据和材料。
注意时效期间的计算：
- 当事人需要准确计算时效期间，确保在规定的期限内提起诉讼。如果因特殊情况无法及时提起诉讼，可以考虑申请延期或寻求其他法律救济途径。
全面收集证据：
- 在提起诉讼前，当事人需要全面收集与工伤认定相关的证据和材料，以便在诉讼中充分证明自己的主张。
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