工伤认定书已过诉讼时效，用人单位在一般情况下不能直接申请撤销，但在特定条件下仍存在撤销的可能性。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼时效对撤销申请的影响
诉讼时效是指法律规定的，权利人在法定期间内不行使权利，即丧失请求法院依法保护其民事权利的法律制度。在工伤认定领域，若用人单位或工伤职工及其近亲属未在法定时效内对工伤认定决定提出异议（如行政复议或行政诉讼），则通常视为接受该认定结果，丧失了通过法律途径直接撤销该认定的权利。然而，这并不意味着工伤认定书在所有情况下都不可撤销。
二、特定条件下的撤销可能性
行政部门主动撤销：
- 根据《工伤保险条例》及相关规定，社会保险行政部门在工伤认定决定作出后的60日内，若发现该决定存在违反法定程序、事实不清、适用法律错误等情形，有权自行撤销并重新作出认定决定。这一规定为行政部门在发现错误时提供了纠正的机会，不受诉讼时效的限制。
通过行政复议或行政诉讼撤销（虽已过时效，但存在例外）：
- 通常情况下，用人单位、工伤职工及其近亲属对工伤认定决定不服的，需在收到决定书之日起60日内向上一级社会保险行政部门或本级人民政府申请行政复议，或在6个月内向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。若已过这些时效，则一般无法再通过行政复议或行政诉讼撤销工伤认定。
- 但存在例外：如果用人单位能够证明因不可抗力或其他正当理由耽误了申请期限，且该耽误并非因其自身原因造成，那么在障碍消除后的合理时间内，仍有可能申请行政复议或提起行政诉讼。不过，这种情况下的撤销申请难度较大，且需满足严格的条件。
申请人主动要求撤销：
- 若申请人（包括用人单位）认为工伤认定不当，可主动向设区劳动和社会保障局提出撤销申请，并说明合理理由。只要理由充分且合理，行政部门可考虑撤销工伤认定书。这一途径不受诉讼时效的限制，但需申请人主动提出并承担举证责任。
双方协商一致撤回：
- 在用人单位和职工就工伤待遇问题达成一致后，根据意思自治原则，双方可向劳动局撤回要求认定工伤的申请。这一途径同样不受诉讼时效的限制，但需双方协商一致并共同提出撤回申请。
三、建议与注意事项
- 及时行使权利：用人单位在收到工伤认定书后，若对认定结果有异议，应及时在法定时效内提出行政复议或行政诉讼申请，以避免因超过时效而丧失撤销的权利。
- 充分举证：若用人单位认为工伤认定存在错误或不当，应积极收集证据并准备充分的理由以支持其撤销申请。
- 咨询专业律师：在处理工伤认定及撤销相关事宜时，建议用人单位咨询专业律师以获取更具体、更专业的法律建议和指导。
综上所述，虽然工伤认定书已过诉讼时效在一般情况下会限制用人单位的撤销申请权利，但在特定条件下仍存在撤销的可能性。用人单位应根据具体情况选择合适的途径并积极行使权利以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。