针对您提出的“工伤认定书存在问题需要撤销但已过时效期”的问题，这确实是一个比较复杂且需要细致处理的情况。以下是我根据相关法律法规和政策，为您提供的详细解答：

一、工伤认定申请时效的基本规定

首先，我们需要明确工伤认定申请的时效规定。根据《工伤保险条例》第十七条，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果用人单位未在规定时限内提出申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织可以在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

二、超过时效期的处理原则

1. 一般原则：如果超过了上述规定的申请时效，社会保险行政部门通常将不予受理工伤认定申请。这是因为时效制度的设计旨在促使权利人及时行使权利，维护法律关系的稳定性和确定性。

2. 例外情形：然而，也存在一些例外情形，即由于不属于职工或者其近亲属自身原因超过工伤认定申请期限的，被耽误的时间不计算在工伤认定申请期限内。这些情形包括不可抗力、人身自由受到限制、属于用人单位原因、社会保险行政部门登记制度不完善以及当事人对是否存在劳动关系申请仲裁、提起民事诉讼等。

三、针对您问题的具体分析

1. 工伤认定书存在问题：如果您认为工伤认定书存在问题，比如认定事实不清、适用法律错误等，您有权在法定期限内提出异议或申请复议。但如果您已经超过了申请时效，那么直接撤销工伤认定书将面临法律上的障碍。

2. 已过时效期的处理：

   • 尝试与用人单位协商：您可以首先尝试与用人单位进行协商，看是否能够达成一致意见，由用人单位出面协助您解决工伤认定书存在的问题。虽然这并不能直接撤销工伤认定书，但可能为后续的救济途径提供便利。
   • 寻求法律救济：如果协商无果，您可以考虑通过法律途径寻求救济。虽然超过了工伤认定申请的时效，但您仍然可以在民事诉讼时效期间内，向用人单位提起民事侵权之诉，要求用人单位承担相应的赔偿责任。这需要您收集充分的证据来证明用人单位存在过错，并且该过错与您的损害结果之间存在因果关系。
   • 关注特殊情形：同时，您也需要关注是否存在上述例外情形中的任何一种。如果存在，您可能有机会在法律上争取到更多的救济空间。例如，如果是因为用人单位的原因导致您错过了工伤认定申请的时效，您可以尝试收集相关证据来证明这一点，并据此向社会保险行政部门或法院提出申请或诉讼。

四、建议与总结

1. 及时咨询专业律师：由于工伤认定和赔偿问题涉及复杂的法律关系和证据收集，我建议您及时咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议。

2. 保持冷静与理性：在处理这类问题时，保持冷静和理性至关重要。不要因为情绪激动而做出冲动的决定或行为，以免给自己带来不必要的麻烦和损失。

3. 积极收集证据：无论您选择哪种救济途径，都需要积极收集相关证据来支持自己的主张。这包括但不限于医疗记录、事故现场照片、证人证言等。

综上所述，虽然超过了工伤认定申请的时效期会给您带来一定的法律障碍，但您仍然可以通过协商、法律救济等途径来寻求问题的解决。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。